מדריך מערכת ריצוף iSeq 100 (‏ )

תמליל

1 iseq 100 מדר יך מערכת ר יצ וף מר ץ 2019 ר כ וש קנ י ינ י ש ל ILLUMINA

2 מסמך זה ות כ ו לת ו הם קנ י י ן ש לInc. Illumina, והחבר ות המס ונפ ות א ל יה ) לה ל ן:,("Illumina" והם מ י ו עד ים אך ורק לש ימ וש ו ש ל ה לק וח, בהתאם לתנא י הח וזה, בהקשר ש ל הש ימ וש במ וצר ים המת ואר ים בזאת, ולא לש ום מטרה אחרת. א י ן להשתמש במסמך זה ות כ ו לת ו וא י ן להפ יצם ל כ ל מטרה אחרת ו/א ו לש ל וח, לחש וף א ו לש כפ ל בש ום צ ורה אחרת, ללא הס כמה מראש וב כתב מאת.Illumina במסמך זה, Illumina א ינה מ ענ יקה ר יש י ו ן כ לשה ו לז כ ו י ות ע ל פטנט, ס ימ ן מסחר י, ז כ ות י וצר ים א ו ז כ ות ח וק ית א ו כ ל ז כ ות אחרת, לש ום צד ש ל יש י. כד י להבט יח ש ימ וש ה ו לם ובט וח במ וצר ים המת ואר ים בזאת, הה ורא ות שבמסמך זה ח י יב ות להתבצ ע ע ל- יד י ע ובד ים ש עבר ו הדר כה מתא ימה ו ימלא ו את הה ורא ות בצ ורה קפדנ ית ומפ ורשת. ח ובה לקר וא ו להב י ן את כ ל ת כ ו לת ו ש ל מסמך זה לפנ י הש ימ וש במ וצר ים א לה. א י-קר יאת הה ורא ות המ ופ י ע ות בזאת במ ל וא ן וא י-הקפדה ע ל יה ן ע ל ו ל ות לגר ום לנזק למ וצר ים, לפצ י עה ג ופנ ית ש ל בנ י אדם - לרב ות המשתמש ים א ו אנש ים אחר ים, ונזק לר כ וש אחר, ו יבט ל ו כ ל אחר י ות הח לה ע ל המ וצר ים. ILLUMINA א ינה מקב לת ע ל עצמה ש ום חב ות ה ע ו לה מת וך ש ימ וש ב לת י ה ו לם במ וצר ים המת ואר ים בזאת ) לרב ות ח לק ים מהם א ו הת ו כנה) Illumina, Inc. כ ל הז כ ו י ות שמ ור ות. כ ל הס ימנ ים המסחר י ים הם ר כ ושם ש לInc. Illumina, א ו ש ל ב ע ל יהם המתא ימ ים. לקב לת מ יד ע ע ל ס ימ ן מסחר י ספצ יפ י, בקר ב כת ובת. ii

3 גרסאות קודמות מסמך מסמך מס' v05 מסמך מס' v04 תאר יך מר ץ 2019 א וקט ובר 2018 ת יא ור הש ינ ו י ע וד כנ ו ת יא ור י הת ו כנה ש ל :iseq Control Software v1.4 ע וד כנ ו הה ורא ות ע ל קב י עה ש ל תצ ורת הגדר ות המ ער כת, לרב ות ה עברה וש ינ ו י שם ש ל ח לק מר כ יב י ממשק המשתמש. נ וספ ו ת יא ור ים ש ל PF% ש ל אש כ ו ל ות וש ל %מדד י תפ וסה, אשר נרא ים במסך Sequencing (ר יצ וף). ה ותר ו מ יק ומ ים ש ל כ וננ י רשת ממ ופ ים עב ור ג י ל י ונ ות הדג ימה ות יק י ות הפ לט. צ ו י ן שהת ו כנה משנה א וט ומט ית את השמ ות ש ל ג י ל י ונ ות דג ימה ל- SampleSheet.csv. נ וספ ו ק יש ור ים לדפ ים הבא ים: תבנ ית ג י ל י ו ן הדג ימה ש ל מ ער כת iseq 100 עב ור מצב ידנ י. דפ י התמ י כה ש ל ת ו כנת ההמרה.bcl2fast נ וספ ו נפח ים ש ל 1 nm 100% PhiX ו- PLUS AmpliSeq Library עב ור Illumina לה כנת ספר י ות. נ וספה ה וראה לה עברת מאגר הגנ ומ ים המשמש כ י יח וס עב ור Local Run Manager א ל מ יק ום שא ינ ו ב כ ונ ן C ב עת שחז ור המ ער כת להגדר ות ה יצר ן. ה וגד ל מספר המחז ור ים המקס ימ ל י המ ומ ל ץ ש ל Index Read 1 (קר יאת א ינדקס 1) ו- 2 Index Read (קר יאת א ינדקס 2) ל- 10 מחז ור ים כ ל אחד. ה וגד ל מספר המחז ור ים שהמחסנ ית ת ומ כת בהם ל נ וסף אז כ ור ש ל מדר יך מ יט וב צפ יפ ות אש כ ו ל ות (מסמך מס' ) להצגת מ יד ע מפ ורט ע ל מ יט וב ש ל ר י כ וז הט ע ינה. ה ובהר שמחסנ ית שמ ופשרת באמבט מ ים ח י יבת לה י ות מא וחסנת בטמפרט ורה ש ל -25 C עד -15 C לפח ות ל י ום אחד לפנ י ההפשרה. ת וק ן הנ וסח AmpliSeq עב ור Illumina Library PLUS ל- Library AmpliSeq.Illumina עב ור PLUS נ וספ ו ר י כ וז י ט ע ינה מ ומ לצ ים וה ורא ות ד י ל ו ל עב ור ספר י ות Nextera.TruSeq DNA ו- PCR-Free TruSeq DNA Nano DNA, Flex for Enrichment נ וסף מ יד ע לגב י ש ימ וש בש יטת נ ורמ ל יזצ יה שא ינה י וצרת ספר י ות ב ע ל ות גד י ל יח יד. נ וספ ו ת יא ור ים לגב י שנ י מצב י ההפ ע לה, Local Run Manager ו- Manual. נ וספה אפשר ות ע ל י יה פתא ומ ית ב- Phix ש ל 5% וה וגדרה המטרה ש ל כ ל אח וז ע ל י יה פתא ומ ית. נ וספ ו הש לב ים הבא ים: מ עבר לחשב ו ן מ ער כת ההפ ע לה sbsadmin ב עת התקנת ת ו כנת הבקרה, מ וד ו ל י הנ ית וח ות ו כנה אחרת. הפ ע לה מחדש ש ל המ כש יר ב עת שחז ור להגדר ות ה יצר ן. הפנ י יה א ל רצפ י המתאם ש ל Illumina (מס' מסמך ) לקב י עת כ י ו ונ י Index 2 (א ינדקס 2) (i5) עב ור ג י ל י ו ן דג ימה. ה ובהר ו הנק וד ות הבא ות: יש להשתמש במחסנ י ות מ יד לאחר ההפשרה. ר י כ וז י הט ע ינה המפ ורט ים עב ור ספר י ות Nextera DNA Flex ו- Nextera.Nextera א ינם יש ימ ים בס וג י ספר י ות אחר ים ש ל Flex for Enrichment 3 SureCell WTA א ינה ספר י יה ת ואמת. iii

4 מסמך מסמך מס' v03 מסמך מס' v02 מסמך מס' v01 תאר יך א וג וסט 2018 י ונ י 2018 מא י 2018 ת יא ור הש ינ ו י ע וד כנ ו ת יא ור י הת ו כנה ש ל :iseq Control Software v1.3 נ וספ ו ה ורא ות הגדרת תצ ורה עב ור.Universal Copy Service שם ה כרט יס י יה Network Configuration (תצ ורת רשת) ש ונה ל- Network Access (ג ישה לרשת). נ וספ ו ה ורא ות ע ל פת יחת Local Run Manager מת וך ת ו כנת הבקרה. מ יק ום בר ירת המחד ל ש ל ת יק י ית הפ לט ע וד כ ן ל- D:\SequencingRuns. נ וספ ו ה ורא ות לח יב ור המ ער כת לשרת.proxy נ וספה דר ישה לצ י י ן נת יב UNC לת יק י ית פ לט ומ יק ומ י ג י ל י ו ן דג ימה ברשת. צ ו ינ ו הדר יש ות ה י יח וד י ות להגדרת מ יק ום ת יק י ית פ לט ב כ ונ ן פנ ימ י, כ ונ ן ח יצ ונ י א ו מ יק ום ברשת. נ וסח ו ה ורא ות ע ל הפ י כת יצ ירת ג י ל י ו ן דג ימה למצב ) Manual ידנ י) לש לב הראש ו ן ש ל הגדרת ההפ ע לה. ת וקנ ו הה ורא ות ע ל ש ימ וש באשף ההתקנה ש ל חב י לת המ ער כת. ת וק ן הת יא ור ש ל ק ובצ י התמ ונ ות הממ וז ער ות ש ל הפ לט. ע וד כנ ו פרט י המבחנ ות המשמש ות לד י ל ו ל ספר י ות למק"ט ש ל.equivalent low-bind tubes א ו מבחנ ות Fisher Scientific נ וסף ס ע יף המתאר את הזמ ינ ות האז ור ית ש ל הח לפה מתקדמת. ה ובהר שספר י ות שד ו ל ל ו לר י כ וז הט ע ינה ח י יב ות ל עב ור ר יצ וף בא ות ו י ום. ה ובהר ש כד י להפש יר נדרשת ה וצאה ש ל מחסנ ית המג יב מהק ופסה. ע וד כנ ו ת יא ור י הת ו כנה ש ל :iseq Control Software v1.2 נ וספה אפשר ות ע י ו ן, המאפשרת לנ ו וט מת ו כנת הבקרה א ל מתק י ן ת ו כנה שה ורד. נ וספ ו ה ורא ות לשמ ירת תמ ונ ות ממ וז ער ות. הגדר ות הרשת ה ו עבר ו ל כרט יס י יה Network Configuration (תצ ורת רשת). מספר הש ימ וש ים המרב י בר כ יב י בד יקה הנ יתנ ים לש ימ וש ח וזר ה ו ע לה ל- 36, וצ ו י ן שמספר הש ימ וש ים שנ ותר מ ופ י ע במסך. ע וד כ ן מ יד ע ש ל :Local Run Manager נ וספ ו ש לב ים לפת יחת Local Run Manager ו להגדרת ההפ ע לה. DNA נ וסף כמ וד ו ל נ ית וח מ ותק ן מראש, ו- Enrichment RNA Amplicon ו- Resequencing נ וספ ו כמ וד ו ל ים ת ומ כ ים אחר ים. ע וד כנ ו הת י יחס ו י ות הת י ע וד למדר יך הת ו כנה ש ל Local Run Manager (מסמך מס' ). ע וד כנ ו ה ורא ות ההפשרה ש ל המחסנ ית: נ וספה אפשר ות להפשרה בטמפרט ורת החדר. נ וספ ו ה ורא ות מפ ורט ות י ותר ע ל אמבט מ ים, לרב ות אחס ו ן לפנ י הפשרה. ע וד כנ ו הה ורא ות ע ל ה כנת ספר י ות לר יצ וף: ר י כ וז הט ע ינה ש ל Nextera DNA Flex ע וד כ ן ל- pm 200. נ וסף ר י כ וז ט ע ינה התח לת י עב ור ס וג י ספר י ות שא ינם רש ומ ים. נ וסף מ יד ע ע ל המדד.%Occupied הנפח ש ל 1 nm PhiX עב ור ע ל י יה פתא ומ ית ה ו ע לה ל- µl 50. המספר ים הקט ל וג י ים ש ל Illumina ע וד כנ ו עב ור: רפ ידה רזרב ית למגש נ יק וז ש ל iseq 100 עב ור מסנ ן א ו ו יר רזרב י ש ל iseq 100 עב ור ע וד כנ ו ההמ לצ ות בנ ושא הפ יפטה וקצה הפ יפטה. iv

5 מסמך מסמך מס' v01 מסמך מס' v00 תאר יך מא י 2018 פבר ואר 2018 ת יא ור הש ינ ו י נ וספ ו הה ורא ות הש ונ ות הבא ות: ב יצ ו ע הפ ע ל ות א ימ ות. יצ ירת ג י ל י ו ן דג ימה ב עת ר יצ וף במצב ) Manual ידנ י). מז ע ור ת ו כנת הבקרה כד י לגשת ל י יש ומ ים אחר ים. הש לב ים הבא ים נ וספ ו לה ל יך בד יקת המ ער כת: פר יקה ואחס ו ן ש ל ר כ יב י בד יקה הנ יתנ ים לש ימ וש ח וזר. נ יק ו י ל כ ל וך ג ל ו י מתא הזר ימה לבד יקה הנ ית ן לש ימ וש ח וזר. הת ו כ ן הבא א ורג ן מחדש כד י לשפר את ההמש כ י ות: מ וזג ו הה ורא ות לב יצ ו ע הפ ע לת PhiX -ב לבד עם ה ורא ות הר יצ וף הרג י ל. ה ורא ות ה כנת תא הזר ימה מ וזג ו עם ה ורא ות ד י ל ו ל הספר י ות. א וחד ו הה ורא ות בדבר ע ל י יה פתא ומ ית ב- PhiX. מ יד ע ע ל מספר המחז ור ים בקר יאה ה ו עבר. Analysis Real-Time ה ו עבר ושמ ו ש ונה ל- Output Sequencing (פ לט ר יצ וף). תרש ים זר ימת ה עב ודה ש ל ה וד ע ות השג יאה פ ושט. ה וסר מ יד ע ע ל מצב י מחשב ל וח וש ו לח ן עב ודה. בר ירת המחד ל ש ל מ ער כת ההפ ע לה ה יא מצב ש ו לח ן עב ודה, ומצב מחשב ה ל וח א ינ ו ה כרח י. ה וסרה הדר ישה להש ל ים ו להחז יר א יש ור ע ל ח יט ו י להח לפה מתקדמת. ג וד ל ההפ ע לה הממ וצ ע ת וק ן ל- GB 2. מהד ורה ראש ונ ית. v

6 תוכן העניינים פרק 1 סק ירה כלל ית מבוא משאבים נוספים רכיבי המכשיר מגיב של iseq 100 i1 פרק 2 תח ילת העב ודה הגדרה בפ עם הראשונה מז עור תוכנת הבקרה הגדרות הפ עלה התאמה אישית של מכשיר הגדרת רשת ציוד וחומרים מתכלים המסופקים על-ידי המשתמש פרק 3 ר י צ וף מבוא הפשרת המחסנית שבשקית הכנת תא הזרימה והספריות ט עינת חומרים מתכלים במחסנית הגדרת הפעלת רי צוף Manager) (Local Run הגדרת הפעלת רי צוף (מ צב ידני) פרק 4 תחז וקה פינוי שטח בדיסק הקשיח עדכוני תוכנה החלפת מסנ ן האוויר שינוי מיקום המכשיר מדיניות הגבלת תוכנה נספח A Sequencing Output (פלט סקירה של ניתוח בזמ ן אמת זרימת עבודה של ניתוח בזמ ן אמת נספח B פתר ו ן בע י ות טיפול בהוד עת שגיאה ביטול הפעלה שהחלה הפעלה מחדש של המכשיר בי צוע בדיקת מערכת הפחתת דליפות שחזור להגדרות הי צר ן ר י צ וף) vi

7 נספח C החלפה מתקדמת החלפת מ ערכת iseq 100 קבלת מערכת חלופית הכנת המ ערכת המקורית להחזרה החזרת המ ערכת המקורית א ינדקס ס י וע טכנ י vii

8 פרק 1 סקירה כללית מבוא משאב ים נ וספ ים ר כ יב י המ כש יר מג יב ש ל iseq 100 i1 מבוא מערכת הרי צוף iseq 100 Illumina מספקת גישה ממוקדת לדור הבא של הרי צוף.(NGS) מ ערכת ממוקדת-יישומים זו אורזת את טכנולוגיות הרי צוף של Illumina במכשיר שולחני חסכוני. תכונות t נג יש ות ואמ ינ ות מערכת iseq 100 תופסת שטח מועט והיא קלה להתקנה ולשימוש. רכיבי הפלואידיקה וההדמיה מובנים בחומר המתכלה כדי לפשט את תחזוקת המכשיר. t ט ע ינת ח ומר ים מת כ ל ים בצ עד אחד מחסנית לשימוש חד-פ עמי מולאה מראש בכל המגיבים הנדרשים להפ עלה. ספרייה ותא זרימה המ צויד בחייש ן נט ענים ישירות למחסנית, שלאחר מכ ן נטענת במכשיר. זיהוי משולב מאפשר מעקב מדויק. t ת ו כנת מ ער כת iseq חבילה 100 של תוכנות משולבות שולטת בפ עולות המכשיר, מ עבדת תמונות ויו צרת קישורים בי ן בסיסים. חבילה זו כוללת ניתוח נתונים במכשיר וכלי העברת נתונים לניתוח חי צוני. t נ ית וח במ כש יר Manager Local Run מזי ן מידע של דגימה ואז מנתח נתוני הפעלה באמ צעות מודול הניתוח ש צוי ן עבור ההפ עלה. התוכנה כוללת חבילת מודולי ניתוח. t נ ית וח מב וסס- ענ ן זרימת העבודה של הרי צוף משולבת ב- Hub,BaseSpace Sequence סביבת מחשוב הענ ן של Illumina לניטור הפ עלה, ניתוח נתונים, אחסו ן ושיתוף פ עולה. קוב צי הפלט מוזרמים אל BaseSpace Sequence Hub בזמ ן אמת ל צורך ניתוח. דגימה לניתוח התרשים הבא מתאר את זרימת העבודה המלאה של הרי צוף, החל מהתכנו ן הניסיוני ועד לניתוח הנתונים. הכלים והתי עוד כלולים בכל שלב ושלב. מדריך זה מכסה את שלב ספריות הר צף. לתי עוד אחר, בקר באתר.support.illumina.com 1

9 איור 1 זרימת עבודה מדג ימה לניתוח משאבים נוספים דפי התמיכה במערכת הרי צוף iseq 100 באתר האינטרנט של Illumina כוללים משאבי מ ערכת נוספים. משאבים אלה כוללים חומרה, הדרכה, מו צרים מתאימים, ואת התיעוד הבא. עיי ן תמיד בדפי התמיכה לקבלת הגרסאות ה עדכניות ביותר. משאב Custom Protocol Selector (ב ורר פר וט וק ו ל בהתאמה א יש ית) כרזה להתקנה ש ל מ ער כת הר יצ וף iseq 100 (מסמך מס' ) מדר יך לה כנת אתר עב ור מ ער כת הר יצ וף iseq 100 (מסמך מס' ) מדר יך בט יח ות ותא ימ ות ש ל מ ער כת 100 (מסמך מס' ) מדר יך תא ימ ות ש ל ק ורא RFID (מסמך מס' ( ר יצ וף iseq ת יא ור כ ל י ל יצ ירת ה ורא ות קצה- לקצה המ ותאמ ות במ י וחד לש יט ות ה כנת הספר י ות, לפרמטר י ההפ ע לה ו לש יטת הנ ית וח ש לך, יחד עם אפשר ו י ות לח יד וד רמת הפ יר וט. מספקת ה ורא ות להתקנת המ כש יר והגדרה בפ עם הראש ונה. מתאר את מפרט השטח במ עבדה, דר יש ות החשמ ל, הש יק ו ל ים הסב יבת י ים וש יק ו ל י ה עב ודה ברשת. מספק מ יד ע ע ל ש יק ו ל י בט יח ות בהפ ע לה, הצהר ות תא ימ ות ות ו ו י ות המ כש יר. מספק מ יד ע ע ל ק ורא ה- RFID במ כש יר, לרב ות א יש ור י תא ימ ות וש יק ו ל י בט יח ות. 2

10 רכיבי המכשיר מערכת iseq 100 Sequencing כוללת לח צ ן הפעלה, צג, שורת מ צב, תא חומרים מתכלים ומגש ניקוז. איור 2 ר כיבי מ ער כת חי צוניים לחצן הפ עלה שולט בהפעלת המכשיר ומציי ן אם המערכת דולקת (דולק), כבויה (כבוי), או כבויה אך מחוברת לזרם חילופי ן (מהבהב). צג מסך מג ע מאפשר הגדרה וקביעת ת צורה במכשיר באמ צעות ממשק תוכנת הבקרה. שורת מצב מציינת אם מצב המערכת מוכ ן לרי צוף (ירוק), מעבד (כחול), או מצריך תשומת לב (כתום). תא החומרים המתכלים מכיל את החומרים המתכלים במהלך הפעלה. דלת מגש הניקוז מאפשרת גישה למגש הניקוז, אשר לוכד את הנוזלים שדלפו. A B C D E חיבורי חשמל וכלי עזר באפשרותך להזיז את המכשיר כדי לגשת אל י ציאות ה- USB ולרכיבים אחרים בלוח האחורי. בגב המכשיר נמ צאים המתג והשקע אשר שולטים באספקת החשמל למכשיר, וי ציאת Ethernet לחיבור Ethernet אופ ציונלי. שתי י ציאות USB מאפשרות לחבר עכבר או מקלדת או לה עלות ולהוריד נתונים באמ צעות מכשיר נייד. הערה חיבור המערכת למקלדת ועכבר מבטל את המקלדת שבמסך. 3

11 איור 3 ר כיבי הפנ ל ה אחורי Ethernet port (י ציאת Ethernet ) חיבור כבל Ethernet אופ ציונלי. יציאות USB שתי י ציאות לחיבור רכיבי עזר. מתג ד ו-מצב י הפעלה וכיבוי של אספקת החשמל למכשיר. שק ע אספקת חשמ ל AC חיבור כבל חשמל. A B C D תא חומרים מתכלים תא החומרים המתכלים מכיל את המחסנית להפ עלת רי צוף. איור 4 ת א חומרים מת כ לים ט עון מחסנ ית מכילה את תא הזרימה, הספרייה והמגיבים, ואוספת מגיבים משומשים במהלך ההפעלה. מגש מחזיק את המחסנית במהלך ריצוף. ד לת נפתחת עד לזווית של 60 מעלות כדי לאפשר גישה לתא החומרים המתכלים. A B C התוכנה פותחת וסוגרת את דלת התא וממקמת את המחסנית ל צורך ההדמיה. הדלת נפתחת כלפי מטה ביחס ל צירים, לכיוו ן בסיס המכשיר. אל תניח ע צמים על הדלת הפתוחה, שלא תוכננה לשמש כמדף. המחסנית ותא הזרימה לבדיקה המותאמים לשימוש חוזר המכשיר נשלח עם תא הזרימה לבדיקה הנית ן לשימוש חוזר iseq 100 ומחסנית הבדיקה הניתנת לשימוש חוזר iseq 100 ל צורך שימוש בבדיקות של המ ערכת. t אחס ן באריזה המקורית בטמפרטורת החדר. 4

12 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר השניים. ן מבי המוקדם המועד צור, היי מתאריך שנים 5 למשך או פעמים 36 עד השימוש על חזור שנותרו. השימושים מספר את ציגה מ התוכנה מערכת בדיקת במהלך t.iseq 100 מערכת של הבדיקה בערכת פג שתוקפם חוזר לשימוש הניתנים הבדיקה רכיבי את החלף t t חוזר לשימוש עדים המיו בדיקה כיבי ר 5 איור חוזר לשימוש המותאם לבדיקה זרימה תא חוזר לשימוש המיועדת בדיקה מחסנית A B עינה הט וכיווני,iSeq 100 i1 של במגיב המסופקים צוף הרי רכיבי כמו נראים חוזר לשימוש הניתנים הבדיקה רכיבי עלה. להפ הנדרשת הכימיה את ן אי הבדיקה מרכיבי אחד ולאף ספרייה מכל ן אי הבדיקה למחסנית זאת, עם זהים. מערכת תוכנת במכשיר. וניתוח צוף רי עולות פ צעים מב אשר משולבים יישומים כוללת ערכת המ תוכנות חבילת להגדרת המערכת, של צורה הת לקביעת ממשק ומספק המכשיר עולות פ על iseq שולט Control Software t צוף. הרי להתקדמות במקביל עלה הפ סטטיסטיקת ולניטור צוף רי הפעלת נתונים ניתוח צוף, הרי לאחר צוף. הרי לפני הניתוח שיטת ואת עלה הפ פרמטרי Local מגדיר Run Manager t אוטומטית. צורה ב מתחיל במכשיר מותקנים. Generate ו- FASTQ RNA Amplicon, DNA Amplicon הניתוח מודולי כאשר מסופקת ערכת המ t של התמיכה בדפי זמינים אשר ו- Resequencing, DNA Enrichment הניתוח במודולי גם תומכת המערכת t.local Run Manager Local Run של התוכנה במדריך ן עיי הניתוח מודולי ועל Local Run Manager על נוסף מידע לקבלת t ). מס' (מסמך Manager ראה נוסף מידע לקבלת עלה. ההפ במהלך בסיסים ן בי וקישור תמונה ניתוח ע צ Real-Time( RTA2 ) מב Analysis t.38 בעמוד צוף) רי (פלט Sequencing Output (אם BaseSpace Sequence Hub אל ההפעלה מתיקיית צוף רי של פלט צי קוב עתיק Universal מ Copy Service t אליהם. לגשת תוכל בה הפלט, ולתיקיית רלוונטי) הבקרה ותוכנת Local Run Manager בלבד. ברקע תהליכים עילים מפ Universal Copy ו- Service Real-Time Analysis המשתמש. של קלט צריכים מ 5 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

13 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר מערכת מידע המידע ואת Illumina של ההתקשרות פרטי את לראות תוכל שבו (אודות) About מקטע ישנו הבקרה תוכנת בתפריט המערכת: על הבא סידורי מספר t המחשב של IP וכתובת שם t ן המתכו חלק גרסת t עלות הפ ספירת t והתראות עות הוד כוללות אשר ההודעות, של רשימה ציג לה כדי הסמל את בחר הודעות. שיש ן ציי ל כדי המכשיר שם צד ל סמל מופיע ושגיאות. אזהרות לאישור. מעבר פעולה מחייבות או הפעלה צרות עו לא אולם לב, תשומת צריכות מ אזהרות t בה. התקדמות או הפעלה התחלת לפני פעולה צע לב מחייבות שגיאות t ובעת ההפעלה לפני ערכות הנ לבדיקות ציפיות שספ התראות ציגה מ ההפעלה הגדרת מסכי של השמאלי צד ב חלונית המחסנית. עינת ט במסך מיקומים 6 איור הפעלה הגדרת התראות אחרות הודעות A B תהליך ניהול הפעלה כל ומזהה הפעלה, צב ומ D) ן (כונ קשיח ן בכונ שטח ציג מ תהליך) (ניהול Process Management המסך דקות. שלוש מדי צע מתב המסך של אוטומטי ן רענו ותאריך. מזהה שם, צעות באמ כל עבור ה- BCL. צי קוב עיבוד על-סמך הושלמה, או מתקדמת מסוימת הפעלה אם ציינת מ צב) (מ Status עמודה ה BaseSpace Sequence Universal, Copy Service הרקע תהליכי צב מ את גם ציג מ Process Management עלה, הפ.Local Run ו- Manager Hub BaseSpace ל- Sequence מחוברת אינה הפעלה אם לדוגמה, במסך. עים מופי אינם חל לא הדבר עליהם ש תהליכים זו. הפעלה עבור BaseSpace של צב המ את ציג מ לא תהליך) (ניהול Process Management Hub,.44 בעמוד תהליך ניהול צב ראהמ צב מ בעיות ן לפתרו t.31 בעמוד הקשיח בדיסק שטח ראהפינוי מקום ופינוי עלות הפ למחיקת t Universal Copy Service של צב המ הפלט: לתיקיית המועתקים צים הקב צב מ את ציג מ Universal Copy Service הפלט. לתיקיית צים קב עתיק מ Universal Copy עת) Service צ (מתב In Progress t 6 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

14 t Complete (הושלמה) Services Universal Copy ה עתיק בה צלחה את כל הקב צים לתיקיית הפלט. המ צב של BaseSpace Sequence Hub BaseSpace Sequence Hub מ ציג את מ צב ההעלאה:.BaseSpace Sequence Hub צע) תוכנת הבקרה מעלה קב צים אל (מתב In Progress t t Complete (הושלם) כל הקב צים הו עלו בה צלחה אל.BaseSpace Sequence Hub המצב של Local Run Manager Local Run Manager מ ציג את מ צב הניתוח בתוכנת הבקרה: Started Not (לא החל) הניתוח בתור להתחלה או ש- Manager Local Run ממתי ן עד לסיום של Real-Time.Analysis Progress In (מתב צ ע) Manager Local Run מנתח קב צים. בדוק את התוכנה של Local Run Manager לקבלת מ צב מפורט יותר. t t t t Stopped (נע צר) הניתוח נע צר, אך אינו שלם. Complete (הושלם) Manager Local Run השלים את הניתוח בה צלחה. לקבלת מידע נוסף על מ צב הניתוח עיי ן בתוכנת.Local Run Manager מגיב של iseq 100 i1 t t בי צוע הפעלה במערכת iseq 100 מ צריך ערכה אחת של מגיב iseq 100 i1 לשימוש חד-פעמי. הערכה זמינה במידה אחת (300 מחזורים) ובשתי אריזות: יח ידה אחת כוללת חומרים מתכלים להפ עלה אחת. ארב ע יח יד ות כוללת חומרים מתכלים לארבע הפעלות. תכולה t t t t ואחסו ן ערכת המגיבים של iseq 100 i1 מספקת את המחסנית ואת תא הזרימה ל צורך רי צוף. כשאתה מקבל את הערכה: אל תפתח את אריזת האלומיניום הלבנה עד שתונחה לעשות זאת בהליכי הפשרת המחסנית והכנת תא הזרימה. המחסנית מופשרת בשקית. אחס ן בהקדם את הרכיבים בטמפרטורות ש צוינו כדי להבטיח בי צועים הולמים. אחס ן את המחסניות כך שתוויות האריזות יפנו כלפי מעלה. אחס ן את המחסניות במשך יום אחד לפחות לפני הפשרת ן באמבט מים. טבלה 1 רכיבי הערכה אר יזה ח ומר מת כ לה כמ ות טמפרט ורת אחס ו ן 1 יח ידה אחת מחסנ ית -25 C עד -15 C 1 תא זר ימה i8 C עד i2 C 4 ארב ע יח יד ות מחסנ ית -25 C עד -15 C 4 תא זר ימה i8 C עדi2 C *מש ל וח בטמפרט ורת החדר. לשני החומרים המתכלים יש מזהים למעקב ולהבטחת תאימות. המחסנית משתמשת בזיהוי תדר רדיו.(RFID) תא הזרימה משתמש בממשק חשמלי: זיכרו ן לקריאה בלבד הנית ן לתכנות ולמחיקה אלקטרונית.(EEPROM) 7

15 תא זרימה תא הזרימה iseq 100 i1 הוא תא זרימה עם תבנית ומסלול יחיד, אשר מובנה על חייש ן אופטי מסוג מוליך למח צה משלים ) CMOS). תא הזרימה עם בסיס הזכוכית נתו ן בתוך מחסנית פלסטיק. נקודות אחיזה מוגבהות בפלסטיק מבטיחות נגיעה בטוחה. נקודות אחיזה חיישןCMOS (עליו ן) אזור הדמיה אטם (אחד מתוך שניים) חייש ן CMOS (תחתו ן) ממשק חשמלי A B C D E F פני השטח של תא הזרימה מכוסים במיליוני ננו-פתחים. האשכולות נו צרות בננו-פתחים, שמתוכם מתב צ עת לאחר מכ ן תגובת הרי צוף. המערך המסודר של הננו-פתחים מגדיל את קריאות הפלט והנתונים. במהלך הרי צוף, חייש ן ה- CMOS לוכד את התמונות ל צורך ניתוח. מחסנית המחסנית של iseq 100 i1 מולאה מראש במגיבים של הכנת אשכולות, רי צוף, ק צה משויך וי צירת אינדקס. מכל האטום ברדיד אלומיניום שמור עבור ספריות, וחריץ בחלק הקדמי שמור עבור תא הזרימה. האור ממקור האור מגיע לתא הזרימה דרך חלו ן גישה בחלקה העליו ן של המחסנית. חלו ן גישה חריץ תא הזרימה מכל ספרייה A B C 8

16 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר הזרימה ותא הספרייה זרימה. ותא ספרייה מגיבים, עלה: להפ הנדרשים המתכלים החומרים כל את מחזיקה המחסנית והספרייה המגיבים עלה, ההפ שמתחילה אחרי המכשיר. לתוך נטענת ן מכ שלאחר שהופשרה, המחסנית לתוך ענים נט הזרימה. תא אל מהמחסנית אוטומטית עברים מו הפלואידיקה רכיבי כל ואת שסתומים, משאבות, גם כוללת המחסנית המשומשים. המגיבים את אוסף ן תחתו מכל המכשיר. של בשטיפות צורך ן אי ן ולכ הפעלה, לאחר משליכים המחסנית את המערכת. של האחרים הנתמך המחזורים מספר תואם הזרימה תא עים. צ מבו מחזורים כמה ולא מנותחים, מחזורים כמה ציינת מ המחסנית על ש המחזורים 300 תווית קריאה. סוג ולכל מחזורים של מספר לכל Read 1 עבור אחד כל מחזורים 151 כוללים המחזורים 322 צוף. רי מחזורי 322 עד ל מספיקה במחסנית המגיב כמות לקבלת 2). (אינדקס Index ו- 2 1) (אינדקס Index 1 עבור אחד כל מחזורים 10 עד ן וכ 2), (קריאה Read ו- 2 1) (קריאה.19 בעמוד המומלץ המחזורים ראהמספר צף, לר שיש המחזורים מספר על מידע הסמלים תיאורי המתכלים. החומרים אריזות או המתכלים החומרים על עים המופי הסמלים את מתארת הבאה הטבלה ל סמ ור יא ת ים ל כ המת ים ומר בח השתמש ות י יטב מ ות וצא ת להשגת לה. כ המת ומר הח ל ש וגה התפ יך תאר זה. יך תאר י לפנ.(Illumina) ן יצר ה את ן י י מצ לה. כ המת ומר הח וצר י ו שב יך התאר.(RUO, Research Use Only) לבד ב י מחקר וש ימ ש וא ה י וד ע י י ה וש ימ הש לה.* כ המת ומר הח את ות לזה יה יה ן ית שנ י כד לק הח מספר את ן י י מצ וצר.* י לה כ המת ומר הח שבהם המנה ו א וה ו האצ את ות לזה י כד וה ו האצ וד ק את ן י י מצ 9 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

17 סמ ל ת יא ור מצ י י ן שנדרשת זה יר ות. מצ י י ן ס י כ ו ן בר יא ות י. ט ו וח טמפרט ור ות אחס ו ן במ ע ל ות צ לז י וס. אחס ן את הח ומר המת כ לה בט ו וח שצ ו י ן. * REF מזהה את הר כ יב ה יח יד, ב ע וד ש- LOT מזהה את המנה א ו האצ ו וה שא ל יהם הר כ יב ש י יך. 10

18 העבודה תחילת 2 פרק ונה הראש עם בפ הגדרה הבקרה כנת ו ת ור ע מז לה ע הפ ות הגדר יר כש מ ל ש ית יש א התאמה רשת הגדרת ים ופק המס ים ל כ מת ים ומר וח וד י צ המשתמש י יד ל- ע הראשונה בפעם הגדרה בפעם ההגדרה בתהליך אותך שינחו מסכים סדרת עם עלת מופ הבקרה תוכנת ערכת, המ של הראשונה בהדלקה צורת ת של וקביעה המכשיר צועי בי את לאשר כדי מערכת בדיקת צוע בי כוללת הראשונה עם בפ ההגדרה הראשונה. ערכת. המ הגדרות (הגדרות System Settings בפקודה בחר הראשונה, עם בפ ההגדרה אחרי המערכת הגדרות את לשנות צונך בר אם לרשת) (גישה Network Access (הגדרות), Settings הכרטיסיות את פותחת הפקודה הבקרה. בתוכנת ערכת) מ.Windows של הרשת והגדרות הבקרה תוכנת הגדרות לכל לגשת תוכל ן שבה אישית), (התאמה ו- Customization עלה ההפ מערכת חשבונות.(sbsuser) ומשתמש (sbsadmin) מערכת מנהל חשבונות: שני יש Windows ההפעלה במערכת Local Run Manager ניתוח מודולי הבקרה, תוכנת והתקנת ערכת מ עדכוני,IT לשימוש מיועד המערכת מנהל ן חשבו המשתמש. ן מחשבו צע לב יש צוף, רי לרבות ציות, הפונק שאר כל את אחרת. ותוכנה סיסמה דרישות כל ן עדכ הראשונה. בהתחברות ו- sbsuser ) sbsadmin) החשבונות לשני סיסמה להחליף מחייבת ההפעלה מערכת לכך. הנחיה כשתקבל יום, 180 בכל מהסיסמאות אחת הגדרה ות יסמא ס חמש כרת ו ז כת ער המ ו יח ל הצ שלא ות התחבר ות ונ י יס נ עשרה ים ו ו ת עשרה ן י זמ לא ן י זמ לא סיסמאות בנושא מחדל ברירת מדיניות 2 טבלה ות י ינ מד יסמה ס ית י ור יסט ה יפת כ א ן ו חשב לת י ע לנ סף י ל ימ ינ מ יסמה ס ורך א ות כב ור מ ות יש בדר וד עמ ל יבת י ח יסמה הס כה י הפ הצפנה ות ע באמצ ות יסמא ס ן ו אחס עלות הפ 1 2 אימות צרת יו אימות הפעלת הראשונה. בפעם ניסיוניות ספריות של צוף רי לפני אימות הפעלת צע לב ן נית.19 בעמוד צוף ראהרי הוראות לקבלת המערכת. פעולת לאישור בקרה, כספריית שמשמש,PhiX הבקרה תוכנת מזעור %100 של צף ר (סייר File ב- Explorer הפלט תיקיית אל לנווט כדי לדוגמה, אחרים. ליישומים לגשת כדי הבקרה תוכנת את מזער דגימה. ן גיליו לחפש כדי או צים) הקב.Windows של המשימות שורת את לפתוח כדי המגע מסך על מעלה כלפי צבע הא את החלק אחר. ביישום או iseq 100 כת ער מ בסמל בחר ערה. מוז הבקרה תוכנת 11 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

19 [א ופצ י ונ ל י] חבר מקלדת ועכבר למכשיר כדי לפשט את הניווט וההקלדה מחוץ לתוכנת הבקרה. כדי להגדיל את תוכנת הבקרה, החלק את הא צבע כלפי מעלה ובחר iseq 100 System (מ ערכת.(iSeq הגדרות הפעלה t t קביעת הת צורה של האפשרויות להגדרה של הפעלה, הפעלת ניטור וניתוח נתונים בכרטיסייה Settings (הגדרות) ב- Settings System (הגדרות מערכת). כרטיסייה זו מ ציגה את ההגדרות המהירות המומל צות, שאות ן תוכל להחיל על-ידי בחירה באפשרות ההגדרה המהירה. לחלופי ן, בחר באפשרות ההגדרה הידנית כדי להתאים אישית את ההגדרות. בחירת הגדרות מהירות חלה על ההגדרות הבאות ושולחת קוב צי,InterOp קוב צי יומ ן, נתונים על בי צועי המכשיר ונתוני הפ עלה אל :BaseSpace Sequence Hub תמ י כה ש ל Illumina Proactive מפשטת את פתרו ן הבעיה ומזהה כשלים אפשריים, כדי לאפשר תחזוקה מונ עת ולמקסם את זמ ן הפעולה התקינה של המכשיר. הפעלת התמיכה של Illumina Proactive שולחת נתונים על בי צועי המכשיר (לא נתוני רי צוף) אל.BaseSpace Sequence Hub לקבלת מידע נוסף ראה הערות טכניות על Illumina Proactive (מסמך מס' ). Manager Local Run השתמש בתוכנת Local Run Manager כדי לי צור הפעלות ולנתח נתוני הפעלה לקבלת זרימת עבודה קלה ומפושטת יותר. אי ן צורך בגיליונות דגימה וביישומי ניתוח נפרדים. t t נ יט ור הפ ע לה מרח וק השתמש ב- Hub BaseSpace Sequence לניטור הפ עלה מרחוק. נ ית וח, ש ית וף פ ע ו לה ואחס ו ן ש ל הפ ע לה השתמש ב- Hub BaseSpace Sequence כדי לאחס ן ולנתח נתונים ולשתף פעולה עם עמיתים. הערה Local Run Manager מתחיל אוטומטית את הניתוח בסיום ההפעלה..Sequence Hub החלת הגדרות מהירות עם זאת, תוכל גם לנתח נתונים ב- BaseSpace הגדרה מהירה מחליפה את הגדרות ההפ עלה הנוכחיות בהגדרות הפעלה מומל צות ובהגדרות מותאמות לאזור, ב- Hub.BaseSpace Sequence הגדרות אלו מחייבות חיבור לאינטרנט וחשבו ן.BaseSpace Sequence Hub לקבלת הוראות על הגדרת החשבו ן ראה העזרה המקוונת של BaseSpace Sequence Hub (מסמך מס'.( בתפריט תוכנת הבקרה, בחר System Settings (הגדרות מערכת). בכרטיסייה Settings (הגדרות) בחר Use Express Settings (השתמש בהגדרות מהירות). ברשימה Set Region (הגדרת אזור), בחר את המיקום הגיאוגרפי שבו המ ערכת נמ צאת או את המיקום הקרוב ביותר למקום שבו המערכת נמ צאת. הגדרה זו מבטיחה שהנתונים יאוחסנו במיקום המתאים ל- Hub.BaseSpace Sequence אם יש לך מינוי,Enterprise בשדה Enter Private Domain (הזנת תחום פרטי), הז ן את שם התחום (URL) המשמש לכניסה יחידה אל.BaseSpace Sequence Hub לדוגמה:. בחר Next (הבא). סקור את ההגדרות. כדי לשנות הגדרה: בחר Edit (עריכה) כדי לפתוח את ההגדרה. שנה את ההגדרה לפי ה צורך, ואחר כך בחר Next (הבא). בחר Next (הבא) כדי להמשיך למסכים הבאים. a b c 12

20 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר זמינות. שההגדרות ן ציי מ ירוק ביקורת ן סימ הגדרות), (סקירת Settings Review במסך (שמור). Save בחר ציאה). (י Exit בחר מערכת), (הגדרות System Settings את לסגור כדי 7 8 ידנית הגדרות תצורת קביעת הגדרות צורת ת את לקבוע כדי (הגדרות) Settings בכרטיסייה מהמסכים אחד בכל הנחיה מקבל אתה ידנית הגדרה עם הבאות: הדרישות ן עליה חלות אשר עלה, ההפ גם לאינטרנט. חיבור מחייבת BaseSpace Sequence ו- Hub Illumina Proactive של התמיכה הפעלת t של המקוונת העזרה ראה ן החשבו הגדרת על הוראות לקבלת ן. חשבו צריך מ BaseSpace Sequence Hub.( מס' (מסמך BaseSpace Sequence Hub ן גיליו צריך מ ידני צב למ מוגדרת ערכת המ צורת ת כאשר נתונים לניתוח BaseSpace Sequence ב- Hub שימוש t.14 בעמוד הדגימה ן גיליו ראהדרישות פרטים לקבלת דגימה. מערכת). (הגדרות System Settings בחר הבקרה תוכנת בתפריט 1 ידנית). (הגדר Set Up Manually בחר 2 ן: לזמי Illumina Proactive של התמיכה שירות את להפוך אם בחר 3 Illumina של התמיכה את (הפעל Turn on Illumina Proactive Support ן הסימו תיבת את ן סמ עילו, להפ כדי t.(proactive של התמיכה את (הפעל Turn on Illumina Proactive Support ן הסימו בתיבת ן הסימו את בטל לכבותו, כדי t.(illumina Proactive עוזרים אלה נתונים הפעלה. ן וזמ טמפרטורה למשל המכשיר, צועי בי על נתונים ל- Illumina שולח השירות ראה נוסף מידע לקבלת נשלחים. לא הפעלה נתוני הבעיות. ן פתרו את ומפשט אפשריים כשלים לזהות ל- Illumina ). מס' (מסמך Illumina Proactive על טכניות הערות (הבא). Next בחר 4 :BaseSpace Sequence ל- Hub הפעלות לחבר אם בחר 5 הבאות: ן הסימו מתיבות אחת ן סמ הפעלות לחבר כדי t השתמש מקום) מכל הפעלות ניטור רק (הפעל Turn on run monitoring from anywhere only t מרחוק. לניטור BaseSpace Sequence ב- Hub של ן ואחסו פעולה שיתוף ניתוח, גם (הפעל Turn on run analysis, collaboration, and storage also t מרחוק. וניתוח לניטור BaseSpace Sequence ב- Hub השתמש עלות) הפ ניטור רק (הפעל Turn on run monitoring from anywhere only בתיבות ן הסימו את בטל עלות, הפ לנתק כדי t שיתוף ניתוח, גם (הפעל Turn on run analysis, collaboration, and storage ו- also מקום) מכל הפעלות הפעלות). של ן ואחסו פעולה אפשרות גם.BaseSpace Sequence Hub אל ן ויומ InterOp צי קוב שולחת הבקרה תוכנת מחוברת, היא כאשר עלות. הפ נתוני שולחת ההפעלות של ן והאחסו עולה הפ שיתוף הניתוח, הקרוב המיקום את או צאת נמ ערכת המ שבו הגיאוגרפי המיקום את בחר אזור), (הגדרת Set Region ברשימה 6 צאת. נמ המערכת שבו למקום ביותר.BaseSpace Sequence ל- Hub המתאים במיקום יאוחסנו שהנתונים מבטיחה זו הגדרה המשמש (URL) התחום שם את ן הז פרטי), תחום (הזנת Enter Private Domain בשדה,Enterprise מינוי לך יש אם 7.BaseSpace Sequence Hub אל יחידה לכניסה. לדוגמה: (הבא). Next בחר 8 13 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

21 בחר אם לשלב את תוכנת ההפ עלה עם :Local Run Manager ב- Local (השתמש Use Local Run Manager בחר,Local Run כדי לי צור הפעלות ולנתח נתונים ב- Manager t.(run Manager t כדי לי צור הפעלות בתוכנת הבקרה ולנתח נתונים ביישום אחר, בחר Use Manual Mode (השתמש במ צב ידני). התכונה Local Run Manager מספקת את זרימת ה עבודה הפשוטה ביותר, אולם היא אינה תכונה של תוכנת הבקרה. זוהי תוכנה משולבת לתי עוד דגימות ל צורך רי צוף, י צירת הפעלות וניתוח נתונים. לפני הרי צוף, ראה מדריך התוכנה של Local Run Manager (מסמך מס' ). בחר Next (הבא). סקור את ההגדרות. כדי לשנות הגדרה: בחר Edit (עריכה) כדי לפתוח את ההגדרה. שנה את ההגדרה לפי ה צורך, ואחר כך בחר Next (הבא). בחר Next (הבא) כדי להמשיך למסכים הבאים. a b c במסך Settings Review (סקירת הגדרות), סימ ן ביקורת ירוק מ ציי ן שההגדרות זמינות. בחר Save (שמור). כדי לסגור את System Settings (הגדרות מערכת), בחר Exit (י ציאה) דרישות גיליו ן הדגימה כאשר המ ערכת מוגדרת למ צב Manual (ידני) ואתה מנתח נתונים ב- Hub,BaseSpace Sequence כל הפעלה מ צריכה גיליו ן דגימה. צור גיליו ן דגימה על-ידי עריכת תבנית גיליו ן הדגימה של מערכת iseq 100 עבור מ צב ידני, ולאחר מכ ן ייבוא שלה לתוכנת הבקרה במהלך הגדרת ההפ עלה. לאחר הייבוא, התוכנה משנה אוטומטית את שם גיליו ן הדגימה ל- SampleSheet.csv. הורד את תבנית גיליו ן הדגימה מדפי התמיכה של :iseq 100 Sequencing System תבנית גיליו ן הדגימה של מערכת iseq 100 עבור מ צב ידני. זהירות הז ן את רצפי המתאםi5) ) Index 2 (אינדקס ] 2 i5]) בכיוו ן הנכו ן למערכת הרי צוף.iSeq 100 למידע על כיוו ן אינדקס, עיי ן ברצפי המתאם של Illumina (מסמך מס' ). נדרש גיליו ן דגימה גם כאשר ת צורת המ ערכת מוגדרת ל עבודה במ צב.Local Run Manager עם זאת, Local Run Manager יו צר את גיליו ן הדגימה עבורך ושומר אותו במיקום המתאים. בכל שאר הנסיבות גיליו ן דגימה הוא אופ ציונלי. התאמה אישית של מכשיר ת ן שם למכשיר וקבע את הת צורה של הגדרות השמע, התמונות הממוזערות ו עדכוני התוכנה בכרטיסייה Customization (התאמה אישית) ב- Settings System (הגדרות מערכת). מת ן שם למכשיר בתפריט תוכנת הבקרה בחר System Settings (הגדרות מערכת). 1 בחר בכרטיסייה Customization (התאמה אישית). 2 בשדה Instrument Nickname (כינוי המכשיר), הז ן שם מועדף עבור המכשיר. 3 השם מופיע בחלק העליו ן של כל מסך. בחר Save (שמור). 4 14

22 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר ציאה). (י Exit בחר מערכת), (הגדרות System Settings את לסגור כדי 5 הדלקת או השמע כיבוי מערכת). (הגדרות System Settings בחר הבקרה תוכנת בתפריט אישית). (התאמה Customization בכרטיסייה בחר המערכת: את להשתיק לא או להשתיק אם בחר (כבוי). Off בחר השמע לכיבוי t (מופעל). On בחר השמע להפעלת t (שמור). Save בחר ציאה). (י Exit בחר מערכת), (הגדרות System Settings את לסגור כדי ערות ממוז תמונות שמירת מערכת). (הגדרות System Settings בחר הבקרה תוכנת בתפריט אישית). (התאמה Customization בכרטיסייה בחר ערות: ממוז תמונות לשמור אם בחר כל את (שמור Save all thumbnail images ן הסימו תיבת את ן סמ ערות, הממוז התמונות כל את לשמור כדי t ערות). הממוז התמונות התמונות כל את (שמור Save all thumbnail images בתיבה ן הסימו את בטל ערות, ממוז תמונות לשמור לא כדי t ערות). הממוז כל מחדל, כברירת ההפעלה. את מזערי ן באופ מגדילה אך עיות, ב ן בפתרו עת מסיי ערות ממוז תמונות שמירת נשמרות. ערות הממוז התמונות (שמור). Save בחר ציאה). (י Exit בחר מערכת), (הגדרות System Settings את לסגור כדי של תצורה קביעת תוכנה עדכוני אוטומטי. ן באופ ולהורידם עדכונים לחפש ערכת למ לאפשר או ידנית להתקינם כדי תוכנה עדכוני ולהוריד לחפש תוכל.31 בעמוד תוכנה ראהעדכוני נוסף מידע לקבלת מערכת). (הגדרות System Settings בחר הבקרה תוכנת בתפריט אישית). (התאמה Customization בכרטיסייה בחר אוטומטי: ן באופ תוכנה עדכוני קיימים האם תבדוק ערכת המ אם בחר של אוטומטית (בדיקה Autocheck for software updates ן הסימו תיבת את ן סמ אוטומטית, לבדוק כדי t תוכנה). עדכוני של אוטומטית (בדיקה Autocheck for software updates ן הסימו בתיבת הבחירה את בטל ידנית, לבדוק כדי t תוכנה). עדכוני לאינטרנט. חיבור צריכה מ האוטומטית הבדיקה (שמור). Save בחר ציאה). (י Exit בחר מערכת), (הגדרות System Settings את לסגור כדי 15 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

23 הגדרת רשת הפעלת המערכת וה עברת נתונים מ צריכות רק חיבור WiFi או Ethernet עם הגדרות הרשת שנקבעו כברירת מחדל. אי ן צורך לעדכ ן הגדרות אלו, אלא אם לארגו ן שלך יש דרישות רשת מותאמות אישית. אם יש, התייעץ עם נ ציג IT לקבלת עזרה בשינוי הגדרות הרשת שנקב עו כברירת מחדל. המדריך להכנת אתר עבור מערכת הרי צוף iseq 100 (מסמך מס' ) מספק הנחיות על הגדרות רשת ואבטחת מחשב בקרה. ציו ן מיקום תיקיית הפלט Universal Copy Service מעתיק קוב צי פלט של רי צוף מתיקיית ההפעלה אל BaseSpace Sequence Hub (כאשר רלוונטי) ולתיקיית הפלט, בה תוכל לגשת אליהם נדרשת תיקיית פלט, אלא אם ת צורת המערכת מוגדרת לניטור, ניתוח, שיתוף פעולה ואחסו ן של הפעלה באמ צעות.BaseSpace Sequence Hub אם לא צוי ן מיקום של תיקיית פלט, Universal Copy Service מ עתיק את הקב צים אל.D:\SequencingRuns בתפריט תוכנת הבקרה בחר System Settings (הגדרות מערכת). בחר בכרטיסייה Network Access (גישה לרשת). בשדה Output Folder (תיקיית פלט), הז ן מיקום ברירת מחדל לתיקיית הפלט או בחר Browse (עיו ן) כדי לנווט למיקום. t drive Internal (כונ ן פנימי) הז ן מיקום קיים בכונ ן D. בכונ ן C אי ן מספיק מקום. t drive External (כונ ן חי צוני) הז ן את המיקום של כונ ן USB שמחובר למכשיר. t location Network (מיקום רשת) הז ן מיקום רשת. באפשרותך לשנות את מיקום ברירת המחדל לפי ההפעלה. התקדם באופ ן הבא. t אם ציינת מיקום כונ ן פנימי או חי צוני, בחר Save (שמור) ואחר כך Exit (י ציאה) כדי לשמור את המיקום וסגור את System Settings (הגדרות מערכת). t אם ציינת מיקום רשת, המשך לשלבים 5 8 כדי לחבר את Universal Copy Service לחשבו ן שיש לו גישה למיקום ש צוי ן. ב- Service,Universal Copy בחר סוג חשבו ן: t Account Local System (חשבו ן מ ערכת מקומי) תיקיית הפלט נמ צאת בספרייה שנית ן לגשת אליה עם חשבו ן מקומי, שיש לו גישה לרוב המיקומים המקומיים. t Account Network (חשבו ן רשת) תיקיית הפלט נמ צאת בספרייה שמ צריכה אישורי כניסה. הגדרה זו מתייחסת למיקום תיקיית הפלט שנקב ע כברירת מחדל ולכל מיקום ש צוי ן במהלך הגדרת הפ עלה אם בחרת Network Account (חשבו ן רשת), הז ן את שם המשתמש והסיסמה לחשבו ן. בחר Save (שמור). כדי לסגור את System Settings (הגדרות מערכת), בחר Exit (י ציאה). התחברות 1 2 לאינטרנט הגדרת חיבור לאינטרנט ברשת WiFi או Ethernet בהגדרות,Windows Network &Internet שאות ן תוכל לפתוח מתוכנת הבקרה. חיבור ה- Ethernet שנקב ע כברירת מחדל מעביר נתונים ב צורה אמינה יותר. בתפריט תוכנת הבקרה בחר System Settings (הגדרות מערכת). בחר בכרטיסייה Network Access (גישה לרשת). 16

24 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר הגדרות את ופותחת הבקרה תוכנת את ממזערת אשר רשת), צורת (ת Network Configuration באפשרות בחר.Windows Network &Internet.Ethernet או WiFi חיבור הגדר.Wi-Fi ל- המתאם אפשרות את שנה,WiFi מגדיר אתה אם t.microsoft של האינטרנט באתר Windows 10 של בעזרה ן עיי מפורטות הגדרה הוראות לקבלת t הבקרה. תוכנת את והגדל Windows של ההגדרות את סגור תושלם, צורה הת כשהגדרת (שמור). Save בחר לרשת) (גישה Network Access בכרטיסייה ציאה). (י Exit בחר מערכת), (הגדרות System Settings את לסגור כדי התחברות Proxy לשרת הבקרה. תוכנת את מזער (הפעלה). Run הדו-שיח תיבת את פתח,Windows של (התחל) Start בתפריט (אישור). OK בחר ן מכ ולאחר cmd הקלד הבאה: הפקודה את הקלד C:\windows\System32\bitsadmin.exe /Util /SetIEProxy LocalSystem Manual_ proxy port> NULL ואת ה- proxy, ציאת ובי שלך ה- proxy שרת בכתובת < port את החלף עקפים. במ NULL הפקודה. את עיל להפ כדי Enter הקש.45 בעמוד המכשיר של מחדש עלה ראההפ הוראות לקבלת המכשיר. את מחדש הפעל המשתמש על-ידי המסופקים מתכלים וחומרים ציוד עיות. ב ן ולפתרו לתחזוקה צוף, לרי משמשים המשתמש, על-ידי המסופקים הבאים, המתכלים והחומרים ציוד ה חומרים מתכלים צוף לרי לה כ מת ומר ח אבקה ללא ות, י עמ חד-פ ות כפפ iseq 100 i1 ל ש יב מג ספק י ל ל כ עבדה מ ספק מק"ט:,Illumina אחת) ידה יח ) יזה) באר ות יד יח ע (ארב מק"ט,Fisher Scientific ערך וה- ו ש ו א Microtubes, 1.5 ml יר י נ ות מגב 20 µl ות, יפט לפ ות ו קצ 100 µl ות, יפט לפ ות ו קצ (RSB) וזר ח וף תרח ופר ב 10 mm יד ור ל כ ו ידר ה יס י] טר ונל י ופצ [א 8.5 ל ש ph עם PhiX Control v3 י] ונל י ופצ [א י ל ל כ עבדה מ ספק י ל ל כ עבדה מ ספק י ל ל כ עבדה מ ספק כנת ה ות כ ער עם ופק מס,Illumina יה י ספר י ל ל כ עבדה מ ספק מטרה ית. ל ל כ מטרה ורך לצ ימה הזר ותא ים יב המג אספקת לה. ע הפ ינה. ע הט וז כ י לר ות י ספר ל ו ל י ד ים. מ אמבט י אחר ית המחסנ וש יב י ות. י ספר ינת ע וט ל ו ל י ד ות. י ספר ינת ע וט ל ו ל י ד ינה. ע הט וז כ י לר ות י ספר ל ו ל י ד וז כ י לר ות י ספר ל ו ל י לד ל- RSB יף ל תח ינה. ע הט יה י ל ע ו א לבד PhiX -ב לת ע הפ ע ו יצ ב לבקרה. ב- PhiX ית ומ פתא FC מק"ט,Illumina 17 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

25 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר מתכלים חומרים לתחזוקה ן ופתרו בעיות לה כ מת ומר ח 10% לבנה, ה ות י ל מט ספק,VWR אבקה ללא ות, י עמ חד-פ ות כפפ למגש ית רזרב ידה רפ 100¹ i1 iseq ל ש וז יק נ ערך וה- ו ש ו א, מק"ט י ל ל כ עבדה מ ספק מק"ט,Illumina מק"ט,Illumina מק"ט,Illumina ל ש י רזרב יר ו ו א ן מסנ כת ער מ ל ש יקה בד כת ער מטרה ודה. עב ה י משטח י ו יק ונ יר כש המ י ו יט ח ית. ל ל כ מטרה ים ל וז נ ל ש יגה לספ וז יק הנ מגש וד יפ ר ו. לפ שד ישה לש אחת יר ו ו הא ן מסנ לפת הח ים. ודש ח כת. ער מ יקת בד ע ו יצ ב ערך וה- ו ש ו א מק"ט ,,VWR,VWR iseq¹ 100 i1 iseq² 100 ל, 70% י ופ ופר יז א ל ו וה כ ל א ות י ל מט ים יב ס רמת עבדה, במ וש ימ לש ות י ל מט כה ו נמ יר י נ ות מגב לבנה, 10% ה יסת תמ י] ונל י ופצ [א ערך וה- ו ש ו א, מק"ט י ל ל כ עבדה מ ספק ל), מ" (946 מק"ט ,VWR ךרע וה- ו ש ו א ל), מ" ( מק"ט ,,Fisher Scientific ערך וה- ו ש ו א 70% ל, ו אתנ ות י ל מט י] ונל י ופצ [א יקה לבד ימה הזר ותא יר כש המ י ו יק נ וזר. ח וש ימ לש ותאם המ יקה לבד ימה הזר ותא וז יק הנ מגש וש יב י וזר. ח וש ימ לש ותאם המ יר. כש המ יב שסב ל וז הנ וש יב י י. ו יט ח לאחר ודה עב ה י משטח י ו יק נ ל י ופ ופר יז א ל ו וה כ ל א ות י ל למט יף ל תח יקה לבד ימה הזר ותא יר כש המ י ו יק לנ וזר. ח וש ימ לש ותאם המ ות ופק מס ות ופ ל הח ות, י באחר וסה כ מ ו ינ א יר כש המ אם ית. רזרב ואחת ותקנת מ אחת ידה יח עם ופק מס יר כש המ ¹ וש. ימ הש עד יזה באר ור לשמ יש המשתמש. י יד ל- ע ים. וש ימ ש 36 ו א ים שנ 5 ור עב כ פג, וקפם כשת יר כש המ עם ים ע י המג וזר ח וש ימ לש ים יתנ הנ יקה הבד י יב כ ר את יפה ל מח ² ציוד יט פר -15 C עד -25 C יא, מקפ קרח י ל ד 10 µl יפטה, פ 20 µl יפטה, פ 100 µl יפטה, פ i2 C עד מקרר,i8 C לדת מק י] ונל י ופצ [א כבר ע י] ונל י ופצ [א ים מ אמבט י] ונל י ופצ [א ור מק י ל ל כ עבדה מ ספק י ל ל כ עבדה מ ספק י ל ל כ עבדה מ ספק י ל ל כ עבדה מ ספק י ל ל כ עבדה מ ספק י ל ל כ עבדה מ ספק י ל ל כ עבדה מ ספק י ל ל כ עבדה מ ספק י ל ל כ עבדה מ ספק מטרה ית. המחסנ ן ו אחס ות. י ספר הקצאת ינה. ע הט וז כ י לר ות י ספר ל ו ל י ד ינה. ע הט וז כ י לר ות י ספר ל ו ל י ד ינה. ע הט וז כ י לר ות י ספר ל ו ל י ד ימה. הזר תא ן ו אחס שבמסך. לדת למק וספת ת ע. המג מסך לממשק וספת ת ית. המחסנ הפשרת 18 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

26 ריצוף 3 פרק מבוא ית שבשק ית המחסנ הפשרת ות י והספר ימה הזר תא כנת ה ית במחסנ ים ל כ מת ים ומר ח ינת ע ט (Local Run Manager) וף יצ ר לת ע הפ הגדרת י) ידנ (מצב וף יצ ר לת ע הפ הגדרת מבוא אוטומטית מתרחש מהשלבים אחד כל.iSeq 100 צוף הרי במערכת צוף הרי את מרכיבים וניתוח צוף רי אשכול, צירת י הושלמה. עלה שההפ אחרי למכשיר מחוץ נוסף ניתוח צע מתב המערכת, צורת בת בתלות צוף. רי הפעלת במהלך במכשיר. כשהיא נוסף ודילול אוטומטי ן באופ יחידים לגדילים ציה דנטור עוברת ספריה ות ל ו כ אש ירת יצ t צור לי כדי ומוגברות הזרימה תא של השטח לפני נקשרות יחידות DNA מולקולות אשכולות, צירת י במהלך אשכולות. צנטית פלואורס בתווית משתמשת אשר יחידה, צביעה ב כימיה צעות באמ צרת נו האשכולות של הדמיה וף יצ ר t ן אדני מזהה ן הראשו ההדמיה מחזור הנוקליאוטידים. עת ארב עבור נתונים לקודד כדי הדמיה מחזורי ובשני אחת מחזור (C). ן ציטוסי ל זהה צבע מוסיף ובו-זמנית מ- A צבע ה את מפריד כימיה מחזור ן, מכ לאחר (T). ן ותימי (A) ן בי קישור עת צ מב Real-Time Analysis תוכנת השני, ההדמיה מחזור אחרי ו- T. C את מזהה השני ההדמיה כימיה על נוסף מידע לקבלת צוף. רי מחזור כל עבור צמו ע על חוזר זה תהליך איכות. ן ציו ן ומת ן סינו בסיסים,.41 בעמוד בסיסים ן בי ראהקישור יחידה צביעה ב הבסיסים ן בי הקישורים צי קוב את אוטומטית עבירה מ הבקרה תוכנת עלה, ההפ התקדמות עם וח ית נ t שלך. המערכת צורת ובת ביישום תלויה הנתונים ניתוח שיטת נתונים. ניתוח צורך ל כפלט עה שנקב לתיקייה (*.bcl) טעינה וריכוז נפח הספרייה. לסוג בהתאם משתנה עינה הט ריכוז 20. µl הוא הטעינה נפח יה י ספר וג ס 100% PhiX Illumina ור עב AmpliSeq Library PLUS Nextera DNA Flex Nextera Flex for Enrichment TruSeq DNA Nano TruSeq DNA PCR-Free (pm) ינה ע ט וז כ י ר כדי הבאות עלות בהפ זה ריכוז מטב 50. pm של התחלתי טעינה ריכוז על צה ממלי Illumina אחרים, ספריות סוגי עבור עקבי. ן באופ בדרישות עומדים ש נתונים שמפיק טעינה ריכוז לזהות מידע לקבלת מדדים. עלת והפ אשכולות צירת י של במיטוב עה לפגי יגרמו מדי נמוכים או מדי גבוהים טעינה ריכוזי ). מס' (מסמך אשכולות מיטוב של סקירה מדריך ראה נוסף, המומלץ המחזורים מספר מספר הנתונים. של איכות להבטיח עת מסיי מחזורים 151 ומקסימום מחזורים 26 לפחות הזנת קריאה, כל עבור בניסוי. תלוי המדויק המחזורים כדי צוי הר הקריאה לאורך אחד מחזור הוסף תמיד נוסף. מחזור כוללים המחזור של והמקסימום המינימום מספרי Read ו- 2 1) (קריאה Read ב- 1 וף יצ הר מחזורי מספר הוא קריאה אורך וקדם-פאזה. פאזה של ההשפעות את ן לתק אינדקס. ומחזורי נוספים מחזורים כולל לא 2), (קריאה 19 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

27 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר לדוגמה: הפעלה הגדרת t t 1). (קריאה Read 1 בשדה 37 ן הז יחידה), (קריאה 36 של קריאה אורך עבור בשדה ו ) (קריאה Read 1 בשדה 151 ן הז משויך), צה (ק לקריאה 150 של קריאה אורך עבור.(2 (קריאה Read 2 שיטות t t t t 1 צות מומל עבודה וכפפות מעבדה חלוק ן, מג במשקפי להשתמש תמיד הקפד אחרים, כימיים וחומרים מגיבים עם עבודה בעת צולב. זיהום למנוע כדי זאת לעשות כשתונחה הכפפות את החלף אבקה. נטולות מתכלים וחומרים ציוד ראה פרוטוקול. תחילת לפני הדרושים ציוד וה המתכלים החומרים כל את ברשותך שיש ודא 17. בעמוד המשתמש על-ידי המסופקים צוינו. ש ן הזמ ובמשכי בטמפרטורות בנפחים, שימוש תוך צג, המו הסדר לפי הפרוטוקולים את צע ב הבא. לשלב מיידית המשך צירה, ע נקודת צוינה לא אם שבשקית המחסנית הפשרת אחד יום למשך -15 C עד -25 C של בטמפרטורה המחסנית את ן אחס מים, באמבט המחסנית את מפשיר אתה אם ההפשרה. לפני לפחות 5. בשלב מתוארות אשר הפשרה, שיטות שלוש ן מבי ביותר המהירה השיטה הוא מים אמבט זהירות על לרעה להשפיע עלולה יבש, בקרח שאוחסנה אחרי המשלוח, לאחר ישירות מים באמבט מחסנית הפשרת המחסנית. צועי בי אבקה. ללא חדשות כפפות חבוש. -15 C עד -25 C של בטמפרטורה ן מהאחסו המחסנית את צא הו הלבנה. ום י ינ ומ האל ית שק את תפתח אל אך מהקופסה אותה צא הו בקופסה, ארוזה המחסנית אם השקית בתוך כשהיא המחסנית את הפשר אחרת. דרך בכל ן לאחס או מחדש להקפיא מבלי ההפשרה, לאחר מיד השתמש הבאות. מהשיטות באחת 5 20 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

28 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר הפשרה ן זמ מ- 18 ותר י לא ות, ע ש 6 ות ע ש מ- 72 ותר י לא ות, ע ש 36 ות ע ש וראה ה ית. מחסנ ל כ ל ים מ ן) ו ל ג (1.5 יטר ל ב- 6 השתמש ו א ורה וקר-טמפרט מב ים מ באמבט C 25 ל ש ורה טמפרט ע קב עד לi20 C ש ורה טמפרט יג להש י כד ים וקר ים חמ ים מ ערבב. i25 C ים וש ית המחסנ ל כ את ל ו טב לה, ע מ י לפ כ ונה פ ית ו ו כשהת יפה. צ ע ו למנ י כד ק"ג כ- 2 ל ש ל משק וקר- מב וא ה אם אלא באמבט, ו ז ל ע מ ו ז ות י מחסנ ום ער ת ל א ורה. טמפרט יטה ש ורה בטמפרט ים מ אמבט i25 C עד לi20 C ש i2 C עד מקררi8 C החדר ורת בטמפרט יר ו ו א ( i25 C עד i20 C ( מ- 18 ותר י לא ות, ע ש 9 ות ע ש ותתאפשר לה ע מ י לפ כ תפנה ית ו ו שהת כך ית המחסנ את הצב ית. בתחת גם ים, הצדד ל כ ב יר ו ו א ימת זר ותתאפשר לה ע מ י לפ כ תפנה ית ו ו שהת כך ית המחסנ את הצב ית. בתחת גם ים, הצדד ל כ ב יר ו ו א ימת זר נייר. מגבות צעות באמ יבש המים, מאמבט תירטב היא אם 6 והספריות הזרימה תא הכנת ספריות, דלל החדר, לטמפרטורת הזרימה תא את הבא למחסנית, והספריות הזרימה תא את ן טוע שאתה לפני במכשיר. ן כשה אוטומטי ן באופ ציה דנטור עוברות הספריות ב- PhiX. פתאומית עלייה ל גרום ציונלית ואופ את מטב איכות, בקרת ניתוח תמיד צע ב כפול. גדיל בעלות נתמכות Illumina ספריות על חלות הבאות הדילול הוראות ציה נורמליז כפול. גדיל בעלות ספריות צרת היו ציה נורמליז בשיטת והשתמש שלך הספרייה עבור עינה הט ריכוז במכשיר. ציה לדנטור תואמת אינה יחיד גדיל בעלות ספריות צרת שיו מבוססת-טיפה 1 nm לריכוז ספרייה דילול הבא. ן באופ הזרימה תא את ן הכ 1 i8 C עד שלi2 C בטמפרטורה ן מאחסו חדש זרימה תא צא הו עיבוי. למנוע כדי דקות 15 עד 10 למשך החדר בטמפרטורת פתוחה הלא האריזה את השאר a b ן. בזמ החדר לטמפרטורת יגיע שהתא מבטיחה כעת הזרימה תא הכנת 10 ב- mm השתמש ן, לחלופי.-15 C עד -25 C של בטמפרטורה ן מהאחסו (RSB) החוזר התרחוף בופר את צא הו.RSB במקום ph 8.5 הידרוכלוריד טריס. -15 C עד -25 C של בטמפרטורה ן מאחסו PhiX תמיסת 10 nm הסר י] ל ונ י ופצ [א בלבד. PhiX עם הפעלה או ציונלית אופ פתאומית עלייה עבור רק נדרש PhiX דקות. 10 למשך החדר בטמפרטורת ציונלי אופ ו- PhiX RSB הפשר :low-bind microtube במבחנת 1nM בריכוז הספרייה של הרלוונטי הנפח את ן הכ כמדלל, RSB עם יה י ספר וג ס לבד) PhiX -ב לת ע להפ ) PhiX 100% 1nM וז כ י בר יה י ספר ל ש נפח (µl) כנה לה Illumina ור עב AmpliSeq Library PLUS Nextera DNA Flex Nextera Flex for Enrichment TruSeq DNA Nano TruSeq DNA PCR-Free צוף. הרי צלחת לה קריטי הוא low-bind microtube במבחנות ספריות דילול אחת. דקה למשך 280 g של בכוח סרכז ן מכ ולאחר בוורטקס, צר ק ן זמ ערבל 6 21 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

29 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר אחד. חודש למשך -15 C עד -25 C של בטמפרטורה ספרייה של 1 nm ן אחס י] ל ונ י ופצ [א 7 עינה הט לריכוז ספרייה 1 nm דלל עינה הט לריכוז המדוללת ספרייה של 100 µl ן להכי כדי low-bind microtube במבחנת הבאים הנפחים את שלב 1 המתאים: יה* י ספר וג ס (pm) ינה ע ט וז כ י ר (µl)1 nm וז כ י בר יה י ספר נפח (µl)rsb נפח % PhiX Illumina ור עב AmpliSeq Library PLUS Nextera DNA Flex Nextera Flex for Enrichment TruSeq DNA Nano TruSeq DNA PCR-Free ות. הבא ות ל ע בהפ ומטב 50 pm ל ש ינה ע ט וז כ י מר ל התח ות, אחר Nextera ות י ספר ל ל ו כ ים, ומ רש ינם שא ות י ספר י וג ס ור עב * למעט,Illumina של הספריות הכנת ערכות לכל תואמת iseq 100 ערכת מ עינה. ט לריכוזי דוגמה מספקת זו טבלה האופטימלי. עינה הט בריכוז שינויים ייתכנו אולם,SureCell WTA '3 אחת. דקה למשך 280 g של בכוח סרכז ן מכ ולאחר בוורטקס, צר ק ן זמ ערבל צוף. רי צורך ל בקרח מדוללת ספרייה השאר דוללו. שבו ביום עינה הט לריכוז שדוללו הספריות את צף ר מתכלים חומרים עינת אלט והמשך הבא לסעיף דלג PhiX -בלבד, הפעלת צע מב או PhiX מוסיף ינך א אם 23. בעמוד במחסנית ציונלי) (אופ PhiX Control הוספת פתאומית עלייה הוספת נוקלאוטידים. של ן מאוז צוג יי הכוללת Illumina של לשימוש ומוכנה קטנה ספרייה היא PhiX 5% של פתאומית עלייה נמוך, ן מגוו בעלות ספריות עבור נוספים. מדדים מספקת שלך לספרייה 2% של ב- PhiX הבסיס. ן מגוו את עלות לה כדי צת מומל הערה עלייה בפיפטה. המדידה על מקשה אבל נוספים, מדדים ן מת עבור יעילה 1% של נמוכה פתאומית 1: nm PhiX של 50 µl ן להכי כדי low-bind microtube במבחנת הבאים הנפחים את שלב ( 5 µl) 10 nm PhiX t (45 (µl RSB t אחת. דקה למשך 280 g של בכוח סרכז ן מכ ולאחר בוורטקס, צר ק ן זמ ערבל אחד. חודש למשך -15 C עד -25 C של בטמפרטורה PhiX של 1 nm ן אחס י] ל ונ י ופצ [א הספרייה, של טעינה ריכוז לאותו PhiX לדלל כדי low-bind microtube במבחנת הבאים הנפחים את שלב לדוגמה: (pm)phix ל ש ינה ע ט וז כ י ר (µl)1 nm וז כ י בר PhiX נפח (µl)rsb נפח v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

30 שלב PhiX וספרייה: t עבור עלייה פתאומית של 2%, הוסף 2 µl של PhiX מדולל ל- µl 100 של ספרייה מדוללת. t עבור עלייה פתאומית של 5%, הוסף 5 µl של PhiX מדולל ל- µl 100 של ספרייה מדוללת. השי עור הממשי באחוזים של PhiX משתנה בהתאם לאיכות ולכמות של הספרייה. ערבל זמ ן ק צר בוורטקס, ולאחר מכ ן סרכז בכוח של 280 g למשך דקה אחת. השאר את הספרייה עם ה עלייה הפתאומית ב- PhiX בקרח טעינת חומרים מתכלים במחסנית [א ופצ י ונ ל י] ל צפייה בסרטו ן הדרכה על הכנת המחסנית והט עינה, בחר Sequence (ר צף). 1 פתח את שקית המחסנית מהחרי צים. 2 היזהר מחלו ן הגישה שבחלק העליו ן של המחסנית והסר את המחסנית מהשקית. השלך את השקית. 3 הפוך את המחסנית חמש פעמים כדי לערבב את המגיבים. 4 הרכיבים הפנימיים עשויים להשמיע נקישות במהלך ההפיכה. זהו מ צב רגיל. הקש עם המחסנית (כאשר התווית פונה כלפי מעלה) על השולח ן או על משטח קשיח אחר חמש פעמים כדי 5 להבטיח שאיבה של המגיב. טעינת ספרייה 1 באמ צעות ק צה פיפטה חדש, נקב את מכל הספרייה ודחף את רדיד האלומיניום לק צוות כדי להגדיל את הפתח. השלך את ק צה הפיפטה כדי למנוע זיהום. הוסף ספרייה מדוללת בנפח 20 µl לחלק התחת ו ן של המכל. הימנע ממגע ברדיד האלומיניום. 2 3 טעינת תא הזרימה 1 פתח את אריזת רדיד האלומיניום הלבנה באמ צעות החרי צים. השתמש תוך 24 שעות מרגע הפתיחה. 23

31 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר לאריזה. מחוץ אל הזרימה תא את משוך בזכוכית ה- CMOS, ן בחייש החשמלי, בממשק ממגע הימנע בפלסטיק. רק גע הזרימה בתא מטפל כשאתה הזכוכית. צדי מ אחד כל של ובאטמים 2 מעלה. כלפי פונה התווית כאשר האחיזה בנקודות הזרימה בתא אחוז המחסנית. של הקדמי שבחלק החריץ לתוך הזרימה תא את הכנס בולטת האחיזה נקודת כהלכה, טעונה המחסנית כאשר במקומו. צא נמ הזרימה שתא ציינת מ נקישה השמעת הגישה. ן מחלו נראית והזכוכית מהמחסנית 3 4 הזרימה תא טעינת ן טעו זרימה תא A B הבא. ן באופ האריזה את השלך 5 האלומיניום. מאריזת צדפה ה מבנה בעל המארז את הסר צדפה. ה מבנה בעל מהמארז הלחות סופג את הסר הלחות. סופג ואת האלומיניום אריזת את והשלך צדפה ה מבנה בעל המארז את מחזר a b c :Local Run ב- Manager ערכת המ בשילוב בתלות התקדם Local ) Run Manager) צוף רי עלת הפ על-פיהגדרת פעל,Local Run ב- Manager משתמש אתה אם t 24. בעמוד.27 בעמוד ידני) צב (מ צוף רי עלת הפ על-פיהגדרת פעל,Local Run ב- Manager משתמש אינך אם t 6 (Local Run Manager) ריצוף הפעלת הגדרת ולאחר,Local Run ב- Manager ההפעלה של ושמירה צירה י צריכה מ Local Run Manager צעות באמ הפעלה הגדרת הפלט בתיקיית נשמרים הנתונים עלה. ההפ את ולבחור מתכלים חומרים ן לטעו כדי הבקרה תוכנת של החזרה ן מכ ההפעלה. השלמת עם אוטומטית צע מב Local Run Manager שאותו ניתוח, צורך ל צוינה ש אחר: ממחשב מרחוק או המכשיר צג ב מקומית Local Run Manager פתיחת 1 24 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

32 ג ישה מק ומ ית פת יחת Local Run Manager בתפר יט ת ו כנת הבקרה,.(Manager בחר Local Run Manager ואז בחר Open Local Run Manager (פת יחת Local Run מרח וק בתפר יט ת ו כנת הבקרה, בחר About (א וד ות) כד י לקב ל את כת ובת ה- IP ש ל המ ער כת. במחשב שנמצא בא ותה הרשת שבה נמצא המ כש יר, פתח את Local Run Manager ב- Chromium. השתמש ב כת ובת ה- IP ש ל המ ער כת כד י להתחבר. אם Chromium נראה ריק ב צג המכשיר, הפעל מחדש את המכשיר והתחל בהגדרת ההפ עלה מחדש. ראההפ עלה מחדש של המכשיר בעמוד 45 לקבלת הוראות. ב- Manager,Local Run צור ושמור את ההפעלה. t ראה מדריך התוכנה של Local Run Manager (מסמך מס' ) לקבלת הוראות. t הגדר הפעלת PhiX -בלבד כך שלא יהיה לה אינדקס. Local Run Manager שולח הפ עלות שנשמרו לתוכנת הבקרה באופ ן אוטומטי. בתוכנת הבקרה בחר Sequence (ר צף). התוכנה פותחת את הדלת בזווית, שולפת את המגש ומתחילה סדרה של מסכי הגדרת הפעלה. [א ופצ י ונ ל י] בחר Help (עזרה) כדי לה ציג הנחיות במסך. בכל מסך מופיעות הנחיות עזרה כדי לספק הדרכה נוספת טעינת המחסנית במכשיר ודא שהמחסנית הופשרה ומכילה את תא הזרימה וספרייה מדוללת. 1 הנח את המחסנית במגש כך שחלו ן הגישה יפנה כלפי מעלה ותא הזרימה יימ צא בתוך המכשיר. אל תדחף את 2 המחסנית או המגש לתוך המכשיר. בחר Close Door (סגור את הדלת) כדי להכניס את המחסנית פנימה ולסגור את הדלת. מופי עה חלונית ב צדו השמאלי של המסך המ ציגה מידע מהחומרים המתכלים שנסרקו. 3 כניסה אל BaseSpace Sequence Hub המסך של BaseSpace Sequence Hub מופי ע כאשר ת צורת המ ערכת מוגדרת לב צ ע Run Monitoring (ניטור הפ עלה) או Run Monitoring and Storage (ניטור הפ עלה ואחסו ן). 1 כדי לנתק את ההפ עלה הנוכחית מ- Hub,BaseSpace Sequence בחר Skip BaseSpace Sequence Hub Sign.(BaseSpace Sequence Hub על כניסה אל (דלג In נתוני הבי צועים של המכשיר עדיי ן נשלחים אל.Illumina 2 לשינוי הקישוריות עבור ההפ עלה הנוכחית, בחר אפשרות ת צורה: BaseSpace Sequence Hub בלבד אל InterOp הפ עלה בלבד) שליחת קוב צי (ניטור Run Monitoring Only t כדי לאפשר ניטור מרחוק. BaseSpace Sequence הפ עלה ואחסו ן) שליחת נתוני הפעלה אל (ניטור Run Monitoring and Storage t כדי לאפשר ניטור וניתוח מרחוק. 25

33 הז ן את אישורי הכניסה שלך ל- Hub BaseSpace Sequence (כתובת דוא"ל וסיסמה), ולאחר מכ ן בחר Sign In (היכנס). אם מופיעה הרשימה Available Workgroups (קבו צות עבודה זמינות), בחר קבו צת עבודה שאליה יועלו נתוני הפ עלה. הרשימה מופי עה כשאתה שייך למספר קבו צות עבודה. בחר Run Setup (הגדרת הפ עלה) בחירת הפעלה 1 אם יופיע המסך Log In (כניסה) של,Local Run Manager הז ן את שם המשתמש והסיסמה שלך ולאחר מכ ן בחר Log In (היכנס). המסך מופיע כאשר הת צורה של Local Run Manager מחייבת כניסה. כברירת מחדל, לא נדרשת כניסה. 2 בחר הפעלה מתוך הרשימה Run Name (שם הפעלה), אשר מפרטת הפ עלות השמורות ב- Manager.Local Run t לה צגת רשימה מ עודכנת בחר Refresh (רענ ן). t אם הרשימה ריקה, בחר Open Local Run Manager (פתיחת (Local Run Manager כדי לי צור הפעלה. בחירה באפשרות Open Local Run Manager (פתיחת (Local Run Manager ממז ערת את תוכנת הבקרה ופותחת את Local Run Manager ב- Chromium. 3 אם י צאת מתוכנת הבקרה כדי לי צור הפעלה, חזור ובחר בהפ עלה. לחץ על Refresh (רענ ן) לה צגת רשימה מ עודכנת. 4 [א ופצ י ונ ל י] בחר Edit (ערוך) ושנה את פרמטרי ההפ עלה: לשינוי סוג הקריאה בחר Single Read (קריאה יחידה) או Paired End (ק צה משויך). לשינוי מחזור הקריאה הז ן מחזורים כל אחד עבור Read 1 (קריאה 1) ו- 2 Read (קריאה 2). הוסף מחזור אחד למספר המחזורים הר צוי. כדי לשנות את תיקיית הפלט עבור ההפעלה הנוכחית, הז ן את הנתיב אל המיקום או בחר Browse (עיו ן) ונווט אליו. בחר באפשרות Save (שמור), אשר מעדכנת את ההפעלה גם בתוכנת הבקרה וגם ב- Manager.Local Run a b c d 5 בחר Start Run (התחלת הפ עלה) כדי להתחיל את הבדיקה לפני הפעלה. סקירת הבדיקות לפני הפעלה בדיקות לפני הפעלה כוללות בדיקת מערכת ובדיקת זרימה. בדיקת הזרימה מנקבת את אטמי המחסנית ומ עבירה מגיב דרך תא הזרימה, ולכ ן לא נית ן לעשות שימוש חוזר בחומרים המתכלים אחרי שבדיקת הזרימה מתחילה. 1 המת ן כ- 15 דקות עד שיסתיימו הבדיקות שלפני ההפ עלה. ההפ עלה מתחילה אוטומטית לאחר השלמה מו צלחת. כאשר המערכת אינה במ צב שקט נשמע צליל המ ציי ן שההפ עלה החלה. זהירות פתיחת הדלת במהלך הבדיקה לפני ההפעלה או ההפעלה עצמה עשויות להכשיל את ההפעלה. אם מתרחשת שגיאה במהלך בדיקת המכשיר, בחר Retry (נסה שוב) כדי לחזור על הבדיקה. בדיקת המכשיר מתב צעת לפני בדיקת הזרימה. כאשר מתב צעת בדיקה, הסרגל של אותה בדיקה כולל הנפשה. אם שגיאה חוזרת על ע צמה, ראהטיפול בהוד עת שגיאה בעמוד 44 כדי לפתור את הבעיה. 2 3 ניטור התקדמות הפעלה 1 נטר את התקדמות ההפעלה והמדדים עם הופעתם במסך Sequencing (רי צוף) לאחר מחזור

34 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר מדד (1 יאה קר %Q30 ) %Q30 Read 1 (2 יאה קר %Q30 ) %Q30 Read 2 ות ל ו כ אש ל ש PF% וסה %תפ לת ל ו כ יה ו חז וקה תפ ור יא ת 30. ל ש Q ן ו י צ עם 1) יאה (קר Read 1 ל ש ים יס בס ן י ב ים ור יש הק וז אח 30. ל ש Q ן ו י צ עם 1) יאה (קר Read 2 ל ש ים יס בס ן י ב ים ור יש הק וז אח ות. כ י א י מסננ ו עבר ש ות ל ו כ האש וז אח ות. ל ו כ אש ים ל י כ שמ ימה הזר י תא ל ש ים המאגר וז אח לה. ע בהפ ים יס בס ן י ב ים ור יש ק ל ש י ו הצפ המספר Process בחר כך ואחר הבקרה תוכנת תפריט את בחר אחרים, עלה הפ ותהליכי צים קב העתקת לנטר כדי תהליך). (ניהול Management 2 מתכלים חומרים פריקת מחסנית). צא (הו Eject Cartridge בחר צוף הרי בהשלמת 1 מהמכשיר. המשומשת המחסנית את ציאה מו התוכנה מהמגש. המחסנית את הסר 2 מהמחסנית. הזרימה תא את הסר 3 באזורך. החלים לסטנדרטים בהתאם אלקטרוניים, רכיבים הכולל הזרימה, תא את השלך 4 באזורך. החלים לסטנדרטים בהתאם משומשים, מגיבים הכוללת המחסנית, את השלך 5 המחסנית. עם מושלכת שהפלואידיקה מאחר נדרשת אינה הפעלה לאחר שטיפה אזהרה עור ה עם ע ומג עה, בלי שאיפה, מסוכנים. להיות עשויים ש כימיים חומרים כוללת מגיבים של זו סדרה וחלוק ות, כפפ עיניים, ל מגן הכולל מגן, בציוד השתמש גופנית. עה לפגי לגרום עלולים עיניים ה או והשלך כימית בפסולת שמטפלים כפי המשומשים במגיבים טפל החשיפה. לסיכון בהתאם עבדה מ סביבה, על נוסף למידע החלים. והמקומיים הלאומיים האזוריים, ולתקנים לחוקים בהתאם אותם.support.illumina.com/sds.html שבכתובת הבטיחות ן בגיליו ן עיי ובטיחות, בריאות הבית. למסך ולחזור המגש את מחדש ן לטעו כדי דלת) (סגור Close Door בחר המחסנית. של הסרה מאשרים והחיישנים אוטומטי ן באופ המגש את מחדש טוענת התוכנה 6 ידני) (מצב ריצוף הפעלת הגדרת למכשיר מחוץ ניתוח צוע ובי הבקרה בתוכנת עלה הפ פרמטרי ן ציו פירושה (ידני) Manual צב במ הפעלה הגדרת FASTQ צי קוב צירת י הניתוח. צורך ל צוינה ש הפלט בתיקיית נתונים שומרת התוכנה לבחירתך. יישום צעות באמ נוסף. שלב מחייבת,BaseSpace Sequence Hub צעות באמ הפעלה של ן ואחסו פעולה שיתוף לניתוח, מוגדרת המערכת צורת ת אם 1 עלה. ההפ עבור דגימה ן גיליו צור צוף הרי מערכת של התמיכה דפי מתוך ידני צב מ עבור iseq 100 מערכת של הדגימה ן גיליו תבנית את הורד.iSeq 100 כי: ודא קובץCSV. בתבנית אותה ושמור צורך ה לפי התבנית את שנה Illumina של המתאם צפי בר ן עיי כיוונים על למידע ן. נכו (i5) 2 אינדקס מתאם צפי ר של ן הכיוו t ). מס' (מסמך Read 1 בשדה 151 ן הז לדוגמה, הבקרה. בתוכנת ערכים ל תואמים אינם הדגימה ן בגיליו ערכים ה t עלה). הפ (הגדרת Run Setup המסך ושל הדגימה ן גיליו של 1) (קריאה a b צף). (ר Sequence בחר הבקרה, בתוכנת הפעלה. הגדרת מסכי של סדרה ומתחילה המגש את שולפת בזווית, הדלת את פותחת התוכנה 2 27 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

35 [א ופצ י ונ ל י] בחר Help (עזרה) כדי לה ציג הנחיות במסך. בכל מסך מופיעות הנחיות עזרה כדי לספק הדרכה נוספת. 3 טעינת המחסנית במכשיר ודא שהמחסנית הופשרה ומכילה את תא הזרימה וספרייה מדוללת. 1 הנח את המחסנית במגש כך שחלו ן הגישה יפנה כלפי מעלה ותא הזרימה יימ צא בתוך המכשיר. אל תדחף את 2 המחסנית או המגש לתוך המכשיר. בחר Close Door (סגור את הדלת) כדי להכניס את המחסנית פנימה ולסגור את הדלת. מופי עה חלונית ב צדו השמאלי של המסך המ ציגה מידע מהחומרים המתכלים שנסרקו. 3 כניסה אל BaseSpace Sequence Hub המסך של BaseSpace Sequence Hub מופי ע כאשר ת צורת המ ערכת מוגדרת לב צ ע Run Monitoring (ניטור הפ עלה) או Run Monitoring and Storage (ניטור הפ עלה ואחסו ן). כדי לנתק את ההפ עלה הנוכחית מ- Hub,BaseSpace Sequence בחר Skip BaseSpace Sequence Hub Sign.(BaseSpace Sequence Hub על כניסה אל (דלג In נתוני הבי צועים של המכשיר עדיי ן נשלחים אל.Illumina לשינוי הקישוריות עבור ההפ עלה הנוכחית, בחר אפשרות ת צורה: BaseSpace Sequence Hub בלבד אל InterOp הפ עלה בלבד) שליחת קוב צי (ניטור Run Monitoring Only t כדי לאפשר ניטור מרחוק. BaseSpace Sequence הפ עלה ואחסו ן) שליחת נתוני הפעלה אל (ניטור Run Monitoring and Storage t Hub כדי לאפשר ניטור וניתוח מרחוק (נדרש גיליו ן דגימה). הז ן את אישורי הכניסה שלך ל- Hub BaseSpace Sequence (כתובת דוא"ל וסיסמה), ולאחר מכ ן בחר Sign In (היכנס). אם מופיעה הרשימה Available Workgroups (קבו צות עבודה זמינות), בחר קבו צת עבודה שאליה יועלו נתוני הפ עלה. הרשימה מופי עה כשאתה שייך למספר קבו צות עבודה. בחר Run Setup (הגדרת הפ עלה). הזנת פרמטרי הפעלה בשדה Run Name (שם הפעלה), הז ן שם ייחודי לפי העדפתך כדי לזהות את ההפ עלה הנוכחית. שם ההפעלה יכול להכיל תווים אלפאנומריים, מקפים ומקפים תחתונים. עבור Read Type (סוג קריאה), בחר אחת מהאפשרויות הבאות: t Read Single (קריאה יחידה) בי צוע קריאת רי צוף אחת, שהוא האפשרות המהירה והפשוטה יותר. 28

36 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר יישור ומספק יותר גבוהה באיכות נתונים שמפיק צוף, רי קריאות שתי צוע בי משויך) צה (ק Paired End t יותר. מדויק קריאה. בכל צוע לבי המחזורים מספר את ן הז קריאה), (מחזור Read Cycle עבור צוי. הר המחזורים למספר אחד מחזור הוסף 2), (קריאה Read ו- 2 1) (קריאה Read 1 עבור t האינדקס. שדות בשני 0 ן הז PhiX -בלבד, עלת להפ t 3 יאה קר 1 יאה קר 1 ינדקס א 2 ינדקס א 2 יאה קר ים ור מחז מספר עד 10 עד (אינדקס Index 1 הנוסף. המחזור כולל 1), (קריאה Read 1 של לערך זהה 2) (קריאה Read 2 של הערך בדרך-כלל i5. האינדקס מתאם את צף מר 2) (אינדקס Index ו- 2 i7, האינדקס מתאם את צף מר 1) (מתקדם): Advanced בחר דגימה, ן גיליו העלאת או הנוכחית עלה להפ פלט תיקיית ן ציי ל כדי ונווט ן) (עיו Browse בחר או הפלט תיקיית מיקום אל הנתיב את ן הז פלט), (תיקיית Output Folder בשדה t אליו. ונווט ן) (עיו Browse בחר או הדגימה ן גיליו מיקום אל הנתיב את ן הז הדגימה), ן (גיליו Sample Sheet בשדה t אליו. הפעלה. לפני הבדיקה את להתחיל כדי עלה) הפ (התחלת Start Run בחר 4 5 הפעלה לפני הבדיקות סקירת עבירה ומ המחסנית אטמי את מנקבת הזרימה בדיקת זרימה. ובדיקת מערכת בדיקת כוללות הפעלה לפני בדיקות מתחילה. הזרימה שבדיקת אחרי המתכלים בחומרים חוזר שימוש לעשות ן נית לא ן ולכ הזרימה, תא דרך מגיב עלה. ההפ שלפני הבדיקות שיסתיימו עד דקות כ- 15 ן המת 1 ן ציי המ צליל נשמע שקט צב במ אינה המערכת כאשר צלחת. מו השלמה לאחר אוטומטית מתחילה עלה ההפ החלה. עלה שההפ זהירות ההפעלה. את להכשיל עשויות עצמה ההפעלה או ההפעלה לפני הבדיקה במהלך הדלת פתיחת הבדיקה. על לחזור כדי שוב) (נסה Retry בחר המכשיר, בדיקת במהלך שגיאה מתרחשת אם הנפשה. כולל בדיקה אותה של הסרגל בדיקה, צעת מתב כאשר הזרימה. בדיקת לפני צעת מתב המכשיר בדיקת הבעיה. את לפתור כדי 44 בעמוד שגיאה עת בהוד ראהטיפול צמה, ע על חוזרת שגיאה אם 2 3 הפעלה התקדמות ניטור 26. מחזור לאחר צוף) (רי Sequencing במסך הופעתם עם והמדדים ההפעלה התקדמות את נטר 1 מדד (1 יאה קר %Q30 ) %Q30 Read 1 (2 יאה קר %Q30 ) %Q30 Read 2 ות ל ו כ אש ל ש PF% וסה %תפ לת ל ו כ יה ו חז וקה תפ ור יא ת 30. ל ש Q ן ו י צ עם 1) יאה (קר Read 1 ל ש ים יס בס ן י ב ים ור יש הק וז אח 30. ל ש Q ן ו י צ עם 1) יאה (קר Read 2 ל ש ים יס בס ן י ב ים ור יש הק וז אח ות. כ י א י מסננ ו עבר ש ות ל ו כ האש וז אח ות. ל ו כ אש ים ל י כ שמ ימה הזר י תא ל ש ים המאגר וז אח לה. ע בהפ ים יס בס ן י ב ים ור יש ק ל ש י ו הצפ המספר Process בחר כך ואחר הבקרה תוכנת תפריט את בחר אחרים, עלה הפ ותהליכי צים קב העתקת לנטר כדי תהליך). (ניהול Management 2 29 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

37 פריקת חומרים מתכלים בהשלמת הרי צוף בחר Eject Cartridge (הו צא מחסנית). התוכנה מו ציאה את המחסנית המשומשת מהמכשיר. הסר את המחסנית מהמגש. הסר את תא הזרימה מהמחסנית. השלך את תא הזרימה, הכולל רכיבים אלקטרוניים, בהתאם לסטנדרטים החלים באזורך. השלך את המחסנית, הכוללת מגיבים משומשים, בהתאם לסטנדרטים החלים באזורך. שטיפה לאחר הפעלה אינה נדרשת מאחר שהפלואידיקה מושלכת עם המחסנית. אזהרה סדרה זו של מגיבים כוללת חומרים כימיים ש עשויים להיות מסוכנים. שאיפה, בלי עה, ומג ע עם ה עור או ה עיניים עלולים לגרום לפגי עה גופנית. השתמש בציוד מגן, הכולל מגן ל עיניים, כפפ ות, וחלוק מ עבדה בהתאם לסיכון החשיפה. טפל במגיבים המשומשים כפי שמטפלים בפסולת כימית והשלך אותם בהתאם לחוקים ולתקנים האזוריים, הלאומיים והמקומיים החלים. למידע נוסף על סביבה, בריאות ובטיחות, עיי ן בגיליו ן הבטיחות שבכתובת.support.illumina.com/sds.html בחר Close Door (סגור דלת) כדי לטעו ן מחדש את המגש ולחזור למסך הבית. התוכנה טוענת מחדש את המגש באופ ן אוטומטי והחיישנים מאשרים הסרה של המחסנית

38 פרק 4 תחזוקה פ ינ ו י שטח בד יסק הקש יח עד כ ונ י ת ו כנה הח לפת מסנ ן הא ו ו יר ש ינ ו י מ יק ום המ כש יר מד ינ י ות הגב לת ת ו כנה פינוי שטח בדיסק הקשיח הפעלת רי צוף מ צריכה כ- GB 2 של שטח בכונ ן הקשיח. כשהשטח מו עט, ב צע את הפעולות הבאות כדי למחוק הפ עלות שהושלמו ולפנות שטח. בתפריט תוכנת הבקרה, בחר Process Management (ניהול תהליך). המסך Process Management (ניהול תהליך) מופי ע, יחד עם רשימת הפ עלות שנשמרו בכונ ן הקשיח. בחר באפשרות Delete (מחק) עבור ההפעלה שבר צונך למחוק. מחיקת הפעלה מוחקת את תיקיית ההפ עלה המקומית. תיקיית הפלט, שהיא עותק של תיקיית ההפ עלה, נשמרת. בתיבת הדו-שיח, בחר Yes (כ ן) כדי לאשר את מחיקת ההפעלה. חזור על שלבים 2 ו- 3 עבור כל הפעלה שבר צונך למחוק. בסיום סגור עדכוני תוכנה t t t את החלו ןManagement Process (ניהול תהליך) כדי לחזור Sequence (ר צף). עדכו ן התוכנה מוודא שהמערכת שלך כוללת את התכונות והתיקונים החדשים ביותר. עדכוני התוכנה מאוגדים בחבילת מ ערכת, אשר כוללת את התוכנות הבאות: תוכנת בקרה iseq מתכונים של מ ערכת iseq 100 Service Universal Copy t t ניתוח בזמ ן אמת Manager Local Run (מסגרת עבודה בלבד) הערה Local Run Manager אמנם כלול בחבילת המ ערכת, אך מודולי הניתוח אינם כלולים. התק ן אותם בנפרד בהתאם ל צורך באמ צעות חשבו ן.sbsadmin גש אל תוכנת מודול הניתוח מדפי התמיכה של Local Run.Manager t ת צורת המערכת נקבעה כך שהמ ערכת תוריד עדכוני תוכנה ב צורה אוטומטית או ידנית: updates Automatic (עדכונים אוטומטיים) הורדת ה עדכונים מתב צ עת אוטומטית מתוך BaseSpace Sequence BaseSpace Sequence כדי שתוכל להתקינם. אפשרות זו מחייבת חיבור לאינטרנט, אך אי ן צורך בחשבו ן Hub.Hub updates Manual (עדכונים ידניים) הורדת ה עדכונים מהאינטרנט מתב צ עת ידנית, הם נשמרים מקומית או בהתק ן נייד ומותקנים מהמיקום שבו נשמרו. אפשרות זו לא מ צריכה חיבור לאינטרנט. t התקנת 1 2 עדכו ן תוכנה אוטומטי עבור לחשבו ן מערכת ההפעלה.sbsadmin בחר את תפריט תוכנת הבקרה ולאחר מכ ן בחר Software Update (עדכו ן תוכנה) כדי לפתוח את תיבת הדו-שיח Software Update (עדכו ן תוכנה). 31

39 מערכות שת צורת ן נקבעה ל עדכונים אוטומטיים מ ציגות התראה כשיש עדכו ן תוכנה זמי ן. כדי לבדוק אם יש עדכו ן, בחר אחת מהאפשרויות הבאות: t Update Check for (בדוק אם יש עדכו ן) חיפוש עדכו ן תוכנה. t Updates Autocheck for (בדוק אוטומטית אם יש עדכונים) חיפוש עדכו ן תוכנה וקביעה של ת צורת המ ערכת כך שתבדוק אוטומטית אם יש עדכונים עתידיים. אפשרויות אלו גלויות במ ערכות שמחוברות לאינטרנט אך ת צורת ן לא מוגדרת ל עדכונים אוטומטיים. בחר Update (עדכו ן) כדי להוריד את גרסת התוכנה החדשה. כשההורדה תושלם, תוכנת הבקרה תיסגר ואשף ההתקנה יופי ע. באשף ההתקנה בחר Install (התק ן). הערה ביטול עדכו ן לפני השלמת ההתקנה עוצר את העדכו ן בנקודה הנוכחית. כל השינויים שבו צעו עד לנקודת הביטול מוחזרים לגרסה הקודמת או שאינם מותקנים. כשההתקנה תושלם בחר Finish (סיום). תוכנת הבקרה מופעלת מחדש באופ ן אוטומטי. כל עדכו ן קושחה מתב צע אוטומטית לאחר ההפעלה מחדש התקנת עדכו ן תוכנה ידני עבור לחשבו ן מערכת ההפעלה.sbsadmin 1 כשיש עדכו ן תוכנה זמי ן, הורד את מתקי ן החבילה *.exe) מ) דף התמיכה של מערכת הרי צוף.iSeq 100 שמור את 2 המתקי ן בכונ ן מקומי או נייד. אם שמרת את המתקי ן בכונ ן נייד, חבר את הכונ ן לי ציאת USB בגב המכשיר. הזז את המכשיר לפי ה צורך כדי 3 לגשת לגב. בתפריט תוכנת הבקרה, בחר Software Update (עדכו ן תוכנה). 4 בתיבת הדו-שיח Software Update (עדכו ן תוכנה), הרחב את Install from local or portable drive (התקנה מתוך 5 כונ ן מקומי או נייד). בחר Browse (עיו ן) כדי לנווט אל המתקי ן. 6 בחר Update (עדכו ן) כדי להתחיל בהתקנה. 7 תוכנת הבקרה תיסגר ואשף ההתקנה יופי ע. באשף ההתקנה בחר Install (התק ן). 8 הערה ביטול עדכו ן לפני השלמת ההתקנה עוצר את העדכו ן בנקודה הנוכחית. כל השינויים שבו צעו עד לנקודת הביטול מוחזרים לגרסה הקודמת או שאינם מותקנים. כשההתקנה תושלם בחר Finish (סיום). תוכנת הבקרה מופעלת מחדש באופ ן אוטומטי. כל עדכו ן קושחה מתב צע אוטומטית לאחר ההפעלה מחדש. 9 החלפת מסנ ן האוויר מסנ ן האוויר הוא פיסת גומאוויר לשימוש יחיד המכסה את שני המאווררים שבגב המכשיר. הוא מבטיח צינו ן מתאים ומונע חדירת לכלוך למערכת. המכשיר מגיע עם מסנ ן אוויר אחד שמותק ן בו ועוד אחד נוסף. רכיבים רזרביים נוספים כלולים באחריות, או שנית ן לרכוש אותם מאת.Illumina התוכנה מ ציגה הנחיה להחלפה של מסנ ן אוויר בכל שישה חודשים, החל מההתחלה של ההגדרה בפ עם הראשונה. השתמש בהוראות הבאות כדי להחליף מסנ ן אוויר שתוקפו פג. 32

40 מקם את המכשיר ב צורה שתאפשר לגשת לחלקו האחורי בקלות. בגב המכשיר, לחץ על ה צד הימני של הפנל העליו ן כדי לב צע ניתוק, כפי שמו צג באיור הבא הסר את הפנל מהמכשיר. 4 הסר את מסנ ן האוויר העשוי מגומאוויר ממרכז הפנל והשלך אותו. 5 הנח מסנ ן אוויר חדש בפנל ולחץ עליו כדי לאבטחו. 33

41 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר למקומו. שייכנס עד הפנל את ולחץ שבמכשיר לחורים הפנל ווי שני את הכנס 6 המקורי. למיקום המכשיר את החזר להמשיך. כדי הוחלף) ן (המסנ Filter Changed בחר 7 8 המכשיר מיקום שינוי בדרישות עומד החדש שהמיקום ודא בטוחה. צורה ב המכשיר מיקום את לשנות כדי הבאות בהוראות השתמש ). מס' (מסמך iseq 100 צוף הרי מערכת עבור אתר להכנת במדריך המתוארות.52 בעמוד מתקדמת וראההחלפה זה סעיף על דלג מכשיר, מחזיר אתה אם מערכת). (כיבוי Shut Down System בחר בתפריט 1 יתעמעם. שהאור עד המכשיר של השמאלי צדו ש ההפעלה ן צ לח על ארוכה צה לחי לחץ נכבית, לא המערכת אם 2 האחורי. בפנל צבי הדו-מ המתג של (Ο) הכיבוי צד על לחץ יהבהב, ההפעלה ן צ כשלח 3 הופסקה. החשמל שאספקת אחרי להבהב להמשיך עשוי ההפעלה ן צ לח צבי הדו-מ המתג מיקום 7 איור האחורי. שבפנל AC החשמל אספקת משקע ואז שבקיר מהשקע החשמל כבל את נתק האחורי. שבפנל ה- Ethernet ציאת מי ואז שבקיר ע מהשק ה- Ethernet כבל את נתק רלוונטי, אם צג. ה את הנמך v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

42 העבר את המכשיר למיקום הר צוי. המכשיר שוקל 15.9 ק"ג (35 ליברות) וכדי להרימו יש צורך בשני אנשים. הגבה את ה צג. אם המכשיר מחובר לרשת, חבר את כבל ה- Ethernet לי ציאת.Ethernet חבר את כבל החשמל לשקע החשמל (AC) בפנל האחורי, ולאחר מכ ן לשקע חשמל בקיר. לחץ על צד ההפעלה (I) של המתג הדו-מ צבי. כשלח צ ן ההפעלה יהבהב, לחץ עליו איור 8 מיקום לח צן ההפ ע לה אחרי שמערכת ההפעלה תיטע ן, התחבר אל.Windows תוכנת הבקרה מופ עלת ומאתחלת את המערכת. בתום האתחול מופיע מסך הבית. 13 מדיניות הגבלת תוכנה מדיניות הגבלת תוכנה (SRP) של Windows משתמשת בכללים כדי לאפשר הפעלה רק של תוכנות ש צוינו. עבור מ ערכת,iSeq 100 כללי ה- SRP מבוססים על אישורים, שמות וסיומות קב צים או ספריות. כברירת מחדל, SRP מופ על כדי למנוע הפעלה של תוכנות לא ר צויות במחשב הבקרה. נ ציג IT או מנהל מערכת יכולים להוסיף ולהסיר כללים כדי להתאים אישית את רמת האבטחה. אם המערכת מתווספת לתחום, ייתכ ן שאובייקט המדיניות הקבו צתית (GPO) המקומי ישנה את הכללים ויכבה את.SRP כללי SRP מותרים במערכת הרי צוף iseq, 100 SRP חוזר להגדרות ברירת המחדל כדי לאפשר את הכללים הבאים. א יש ור ים א יש ור ש ל י יש ום iseq ק ובצ י הפ ע לה Portmon.exe Procmon.exe Procmon64.exe Tcpview.exe 35

43 ס י ומ ות קבצ ים *.cfg *.lnk *.png *.tif *.txt *.xml ספר י ות %HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows\CurrentVersion\ProgramFilesDir% %HKEY_LOCAL_MACHINE\SOFTWARE\Microsoft\Windows NT\CurrentVersion\SystemRoot% C:\CrashDumps\* C:\Illumina Maintenance Logs\* C:\Illumina Manufacturing Test Results\* C:\Illumina\* C:\Program Files (x86)\chromium\application\* C:\Program Files (x86)\illumina\* C:\Program Files (x86)\internet Explorer\* C:\Program Files\Illumina\* C:\Program Files\Internet Explorer\* C:\Program Files\Jenoptik\* C:\Program Files\Ophir Optronics\* C:\ProgramData\Illumina\* C:\ProgramData\Package Cache\* C:\ProgramData\webex\* C:\Users\*\AppData\Local\GoToAssist Corporate\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\Citrix\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\CitrixLogs\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\LogMeIn\* C:\Users\*\AppData\Local\Temp\LogMeInLogs\* D:\Recovery\* GoToAssist Corporate Opener*.exe Turnover to customer.bat הוספה והסרה של כללי SRP הוסף והסר כללי SRP כדי להתאים אישית את אבטחת המ ערכת. שינוי הכללים מחייב כיבוי זמני של.SRP זהירות כיבוי SRP עוקף את ההגנות שנקבעו כברירת מחדל. היכנס למערכת ההפעלה עם חשבו ן מנהל המערכת. חשבו ן מנהל המערכת כולל את ההרשאות הנדרשות לשינוי כללי.SRP כבה את :SRP 1 2 נווט לספרייה.C:\Illumina\Security לחץ לחי צה כפולה על.Disable.reg בחר Yes (כ ן) כדי לאשר את השינויים. a b c במהלך השימוש בממשק מסך המגע, הקשה והחזקה למשך כ- 2 שניות שוות-ערך ללחי צה ימנית. בחר Start (התחלה) ואז בחר Run (הפעל). בשדה Open (פתיחה), הז ן.secpol.msc בתיבת הדו-שיח Local Security Policy (מדיניות אבטחה מקומית), הרחב את Software Restriction Policies (מדיניות הגבלת תוכנה), ואז בחר Additional Rules (כללים נוספים)

44 6 להוספת כלל: בתפריט Action (פעולה), בחר New Path Rule (כלל נתיב חדש). בשדה Path (נתיב), הז ן את האישור, שם הקובץ, סיומת הקובץ או הספרייה שבר צונך להתיר. ברשימה Security level (רמת אבטחה) בחר Unrestricted (לא מוגבלת). [א ופצ י ונ ל י] בשדה Description (תיאור), הז ן סיבה לי צירת הכלל. בחר OK (אישור) כדי להוסיף את הכלל. a b c d e 7 למחיקת כלל: בחר את הכלל שבר צונך למחוק ואז בחר Delete (מחק). בחר Yes (כ ן) כדי לאשר את המחיקה. a b סגור את תיבת הדו-שיח Local Security Policy (מדיניות אבטחה מקומית). החזר את SRP למ צבו המקורי מ י יד ית: 8 9 נווט לספרייה.C:\Illumina\Security לחץ לחי צה כפולה על.Enable.reg a b 10 אם כללי SRP עוברים שינוי בפ עם הראשונה, התנתק ואז התחבר שוב כדי שהכללים ייכנסו לתוקף. 37

45 נספח A Sequencing Output (פלט ריצוף) סק ירה ש ל נ ית וח בזמ ן אמת זר ימת עב ודה ש ל נ ית וח בזמ ן אמת סקירה של ניתוח בזמ ן אמת התוכנה Real-Time Analysis (ניתוח בזמ ן אמת) פועלת במחשב הבקרה של המכשיר. במהלך הפעלת רי צוף היא מחל צת עו צמות מתוך תמונות כדי לב צע קישור בי ן בסיסים, ואז מק צה ציו ן איכות לקישור בי ן הבסיסים. מערכת הרי צוף iseq 100 משתמשת במימוש RTA2 שלAnalysis. Real-Time RTA2 ותוכנת הבקרה מנהלים ביניהם תקשורת באמ צעות ממשק HTTP אינטרנטי וקוב צי זיכרו ן משותפים. אם RTA2 מופסק, ה עיבוד לא מתחדש ונתוני ההפ עלה לא נשמרים. הערה קובצי קלט t t t בי צועי הפילוג לא מחושבים, RTA2 מ צריך את קוב צי הקלט הבאים ל צורך עיבוד: תמונות אריחים הכלולות בזיכרו ן המערכת המקומי. קובץ ת צורה של Real-Time Analysis בתבנית.XML ולכ ן הכרטיסייה Index (אינדקס) ב- Viewer Sequencing Analysis אינה מאוכלסת. RunInfo.xml, שתוכנת הבקרה יו צרת אוטומטית בתחילת ההפ עלה. RTA2 מקבל מתוכנת הבקרה פקודות שכוללות מיד ע על המיקום של RunInfo.xml ואם צוינה תיקיית פלט. מתוך, RunInfo.xml RTA2 קורא את שם ההפעלה, את מספר המחזורים, אם לקריאה מסוימת יש אינדקס ואת מספר האריחים בתא הזרימה. קובצי פלט תמונות מו עברות בזיכרו ן אל RTA2 כאריחים, שהם אזורי הדמיה קטנים בתא הזרימה אשר מוגדרים על-ידי ת צוגת מ צלמה אחת. לתא הזרימה iseq 100 i1 יש 16 אריחים. מתמונות אלה, RTA2 יו צר סדרה של קוב צי קישור בי ן בסיסים וקוב צי סינו ן בעלי ציו ן איכות כפלט עיקרי. קב צים אחרים תומכים בי צירת הפלט העיקרי. ס וג ק וב ץ ק ובצ י ק יש ור ב י ן בס יס ים ק ובצ י א ינדקס ש ל ק יש ור ב י ן בס יס ים ק וב ץ מ יק ומ י אש כ ו ל ות ק ובצ י ס ינ ו ן ת יא ור, מ יק ום ושם הק וב ץ כ ל אר יח מנ ותח כ ל ו ל בק וב ץ ק יש ור ב י ן בס יס ים, המק וב ץ בק וב ץ אחד ל כ ל מחז ור. הק וב ץ המק וב ץ כ ו ל ל את הק יש ור ב י ן בס יס ים ואת צ י ו ן הא י כ ות המש ו יך ל כ ל אש כ ו ל. Data\Intensities\BaseCalls\L001,[Cycle].bcl.bgzf כאשר [Cycle] מ י יצג את מספר המחז ור בארב ע ספר ות. ק ובצ י ק יש ור ב י ן בס יס ים דח וס ים בש יטת דח יסה כג וש.gzip ק וב ץ א ינדקס ש ל ק יש ור ב י ן בס יס ים ש ומר את המ יד ע המק ור י ש ל האר יח. עב ור כ ל אר יח, ק וב ץ הא ינדקס מ כ י ל את מספר האר יח ואת מספר האש כ ו ל ות. Data\Intensities\BaseCalls\L001 [Cycle].bcl.bgzf.bci ק וב ץ מ יק ום אש כ ו ל (s.locs) אחד מ כ י ל את שנת ות Data\Intensities s.locs ה- X, Y ש ל כ ל אחד מהאש כ ו ל ות בתא הזר ימה. ק ובצ י ס ינ ו ן מצ י ינ ים אם האש כ ו ל ות ע ובר ים את המסנ ן. ל כ ל אר יח נ וצר ק וב ץ ס ינ ו ן אחד. ק ובצ י הס ינ ו ן נ וצר ים במחז ור 26 באמצ ע ות 25 מחז ור י נת ונ ים. Data\Intensities\BaseCalls\L001 s_[lane].filter 38

46 ס וג ק וב ץ ק ובצ י InterOp ק וב ץ קב י עת תצ ורה ש ל RTA ק וב ץ פרט י הפ ע לה* ק ובצ י תמ ונה ממ וז ערת ת יא ור, מ יק ום ושם הק וב ץ מדד י זמ ן אמת ש ל א י כ ות ההפ ע לה אשר מת עד כנ ים במה לך ההפ ע לה. קבצ ים ב ינאר י ים א לה כ ו ל ל ים מדד ים ברמת האר יח, המחז ור והקר יאה, ונדרש ים כד י להצ יג מדד ים ב- Analysis Sequencing.Viewer ת יק י ית InterOp ר יש ום פרמטר ים להפ ע לה. הק וב ץ, שנ וצר בתח י לת ההפ ע לה, מש לב ער כ ים מק וב ץ קב י עת התצ ורה ש ל הק לט ו ער כ ים שמגד יר ה- RTA2. RTAConfiguration.xml ], Root folder] מפרט את שם ההפ ע לה, מספר המחז ור ים ב כ ל קר יאה, אם הקר יאה ה יא קר יאת א ינדקס, ומספר ענפ ים ואר יח ים. נ וצר בתח י לת ההפ ע לה. RunInfo.xml ], Root folder] תמ ונ ות ממ וז ער ות ש ל אר יח י תא זר ימה. Images\L001\C[X.1 ] הקבצ ים מא וחסנ ים בת יק י יה אחת עב ור כ ל מס ל ו ל ות יק י ית-משנה אחת עב ור כ ל מחז ור. s_[lane]_[tile].jpg התמ ונה הממ וז ערת כ ו ל לת את מספר האר יח. *נ וצר ע ל- יד י ת ו כנת הבקרה. RTA2 י וצר את כ ל שאר הקבצ ים המפ ורט ים בטב לה ז ו. Local Run Manager ו- Hub BaseSpace Sequence ממירים קוב צי קישור בי ן בסיסים בקוב צי FASTQ באופ ן אוטומטי. בעת רי צוף במ צב Manual (ידני), השתמש בגרסה ה עדכנית ביותר של תוכנת ההמרה bcl2fastq2 כדי להמיר קוב צי.FASTQ הורד את התוכנה מתוך דפי התמיכה של תוכנת ההמרה bcl2fastq באתר האינטרנט של.Illumina שם ונתיב של תיקיית פלט עבור כל הפ עלה, תוכנת הבקרה יו צרת תיקיית פלט ותיקיית הפ עלה באופ ן אוטומטי. גש אל נתוני ההפ עלה מתיקיית הפלט, שהיא עותק של תיקיית ההפ עלה. תיקיית ההפ עלה מיו עדת לשימושה של המ ערכת. הנתיב לתיקיית הפלט מוגדר על-ידי המשתמש, אך ברירת המחדל שלו היאD:\. תוכנת הבקרה מכנה את תיקיית הפלט בשם באמ צעות התבנית הבאה. תבנ ית ד וגמה _FFSP247_4_BNS <YYYYMMDD>_<Instrument ID>_<Run Number>_<Flow Cell ID> מספר ההפעלה עולה ביחידה אחת בכל פעם שהמערכת מב צעת הפעלה. המספרים הסידוריים מזהים את המכשיר ואת תא הזרימה. 39

47 מבנה תיקיית פלט Recipe הפ עלת קובץ recipe ספ ציפי. Logs קוב צי יומ ן המתארים ניתוחי מכשירים, שלבי תפ עול ואירו עים אחרים. Config הגדרות ת צורה עבור ההפ עלה. RunParameters.xml RunInfo.xml CopyComplete.txt RunCompletionStatus.txt RTAComplete.txt RTAConfiguration.xml Data Intensities BaseCalls L001 s.locs InterOp Images SampleSheet.csv גיליו ן דגימה או מניפסט הדגימה. צי יומ ן המתארים אירועי.RTA2 RTALogs קוב טיפול בשגיאות.TSV השגיאות נרשמות בקובץ שגיאות בתבנית הקובץ.RTALogs יו צר קוב צי יומ ן וכותב אותם בתיקייה RTA2 היומ ן הבא וקוב צי השגיאות מועברים אל יעד הפלט הסופי בסוף ה עיבוד: t * GlobalLog*.tsv מסכם אירו עים חשובים בהפ עלה. t * Error*.tsv מפרט שגיאות שאיר עו במהלך הפ עלה. t * WarningLog*.tsv מפרט אזהרות שאיר עו במהלך הפ עלה. זרימת עבודה של ח יל וץ ע וצמ ות ניתוח בזמ ן אמת ק וב ע את ערך ה ע וצמה ש ל כ ל אחד מהאש כ ו ל ות. ת יק ו ן פאזה מתק ן את ההשפ ע ות ש ל פאזה וקדם-פאזה. ק יש ור ב י ן בס יס ים ק וב ע ק יש ור ב י ן בס יס ים ל כ ל אש כ ו ל. צ י ו ן א יכ ות מקצה צ י ו ן א י כ ות ל כ ל ק יש ור ב י ן בס יס ים. חילוץ עו צמות חילוץ העו צמות מחשב ערך של עו צמה עבור כל ננו-פתח בתמונה נתונה. 40

48 תיקו ן פאזה t t במהלך תגובת הרי צוף, כל גדיל DNA באשכול מתארך בבסיס אחד לכל מחזור. פאזה וקדם-פאזה מתרחשות כאשר גדיל יו צא מחוץ לפאזה של מחזור האיגוד הנוכחי. פאזה מתרחשת כאשר הבסיס מעוכב. קדם-פאזה מתרחשת כאשר הבסיס מקדים. איור 9 פ אזה וקדם-פ אזה קריאה עם בסיס שיוצר פאזה קריאה עם בסיס שיוצר קדם-פאזה A B RTA2 מתק ן את השפעות הפאזה והקדם-פאזה, ובכך ממקסם את איכות הנתונים בכל מחזור לאורך ההפ עלה. קישור בי ן בסיסים קישור בי ן בסיסים קובע בסיס (A, C, G או T) לכל אשכול או אריח נתו ן במחזור ספ ציפי. מערכת iseq 100 משתמשת ברי צוף ב צביעה יחידה, אשר מ צריך צביעה אחת ושתי תמונות כדי לקודד נתונים לארב עת הבסיסים. העו צמות אשר מחול צות מתמונה אחת ומושוות לתמונה שנייה יו צרות ארבע אוכלוסיות מובחנות, שכל אחת מה ן תואמת לנוקלאוטיד. קישור בי ן בסיסים קובע לאיזו אוכלוסייה שייך כל אשכול. איור 10 המחשה חזותית ש ל עו צמות אש כו לות 41

49 טבלה 3 בס יס T A C G קישורים בין בסיסים בריצוף בצביעה יחידה צב י עה בתמ ונה שנ י יה צב י עה בתמ ונה ראש ונה מ ופ ע לת מ ופ ע לת לא מ ופ ע לת מ ופ ע לת מ ופ ע לת לא מ ופ ע לת לא מ ופ ע לת לא מ ופ ע לת מסקנה מהש ו ואה ב י ן התמ ונ ות האש כ ו ל ות המצ יג ים ע וצמה בשת י התמ ונ ות הם בס יס י T. האש כ ו ל ות המצ יג ים ע וצמה בתמ ונה הראש ונה ב לבד הם בס יס י A. האש כ ו ל ות המצ יג ים ע וצמה בתמ ונה השנ י יה ב לבד הם בס יס י C. האש כ ו ל ות שלא מצ יג ים ע וצמה באף תמ ונה הם בס יס י G. מסנ ן ה עברת אשכולות במהלך ההפעלה, RTA2 מסנ ן נתונים גולמיים כדי להסיר קריאות שאינ ן עומדות בסף של איכות הנתונים. אשכולות חופפים ואשכולות באיכות נמוכה מוסרים. עבור רי צוף ב צביעה יחידה, RTA2 משתמש במ ערכת מבוססת-אוכלוסיה כדי לקבוע את מידת הטוהר (מדידת עו צמת הטוהר) של קישור לבסיס. אשכולות עוברים את הסינו ן (PF) כאשר רמת הטוהר של לא יותר מקישור לבסיס אחד ב- 25 המחזורים הראשונים נמוכה מערך סף שנקבע. יישור PhiX מתב צע במחזור 26 במ ערכת-משנה של אריחים עבור אשכולות ש עברו את הסינו ן. באשכולות שלא עוברים את הסינו ן לא מתב צעות פ עולות קישור לבסיס ויישור. קריאות אינדקס התהליך לקישור בי ן בסיסים של קריאות אינדקס שונה מקישור בי ן בסיסים של קריאות רי צוף. שני המחזורים הראשונים של קריאת אינדקס לא יכולים להתחיל משני בסיסי G, אחרת לא תיוו צר עו צמה. כדי להבטיח בי צועי פילוג, חייבת להיות עו צמה באחד משני המחזורים הראשונים. ודא כי לפח ות ר צף מתאם אינדקס אחד במאגר ספריות אינו מתחיל בשני בסיסי G. בחר ר צפי מתאם אינדקס מאוזנים כדי שיימ צא אות לפחות בתמונה אחת (עדיף בשתי התמונות) עבור כל מחזור. פריסת הלוחיות והר צפים המסופקים ב- Indexes IDT for Illumina TruSeq UD תוכננו להיות באיזו ן המתאים. לקבלת מידע נוסף על י צירת אינדקס ואיגוד, ראה מדריך איגוד של מתאמי אינדקס (מסמך מס' ). ציו ן איכות ציו ן איכות, או ציו ן Q, הוא תחזית של ההסתברות לקישור לא נכו ן בי ן בסיסים. ציו ן Q גבוה יותר פירושו קישור בי ן בסיסים באיכות גבוהה יותר, עם הסתברות גבוהה יותר לכך שיהיה תקי ן. ציו ן ה- Q הוא דרך קומפקטית להעביר מסר על הסתברויות קטנות לשגיאות. Q(X) מיי צג ציוני איכות, כאשר X הוא ה ציו ן. הטבלה הבאה מ ציגה את הקשר בי ן ציו ן האיכות וההסתברות לשגיאה. הסתבר ות לשג יאה 1) מת וך (10,000 1) מת וך (1,000 1) 0.01 מת וך (100 1) 0.1 מת וך (10 צ י ו ן Q(X)Q Q40 Q30 Q20 Q10 הערה ציו ן האיכות מבוסס על גרסה מתוקנת של אלגוריתם.Phred 42

50 ציו ן האיכות מחשב סדרה של גורמי חיזוי עבור כל קישור בי ן בסיסים, ולאחר מכ ן משתמש ב ערכי החיזוי כדי לחפש את ציו ן ה- Q בטבלת איכות. טבלאות האיכות נו צרות כדי לספק חיזויי איכות בדיוק אופטימלי עבור הפעלות הנו צרות באמ צעות ת צורה ספ ציפית של פלטפורמת רי צוף וגרסת כימיה. אחרי שנקבע ציו ן ה- Q, התו צאות נרשמות בקוב צי ה- call.base 43

51 פתרון B נספח בעיות שגיאה עת וד בה ל ו יפ ט לה שהח לה ע הפ ל ו יט ב יר כש המ ל ש מחדש לה ע הפ כת ער מ יקת בד ע ו יצ ב ות יפ ל ד הפחתת ן יצר ה ות להגדר ור שחז שגיאה עת בהוד טיפול עבודה ה זרימת את ציג מ הבא הזרימה תרשים שונים. בעיות ן פתרו הליכי על מפורטות הוראות מספק זה נספח צוף, הרי או עלה, ההפ לפני הבדיקות עלה, ההפ הגדרת האתחול, במהלך שמופיעות שגיאה הודעות של בעיה ן לפתרו ן. אות לפתור צליח מ לא חוזר ן שניסיו אחרות שגיאות של ן ופתרו ן אבחו שלו. חוזרת והפעלה המכשיר כיבוי מחדש: עלה הפ על-ידי רבות שגיאות לפתור ן נית המערכת. של בדיקה מחייב אה שגי עות הוד ל ש סקירה 11 איור תהליך ניהול מצב תהליך): (ניהול Process Management במסך צב מ בעיית לפתור כדי פתח ואז דקות, כחמש ן המת תהליך), (ניהול Process Management המסך את סגור צעת, מתב ההפעלה אם t מחדש. (ניהול Process Management המסך את מחדש פתח ואז המכשיר את מחדש הפעל צעת, מתב לא ההפעלה אם t.45 בעמוד המכשיר של מחדש עלה ראההפ תהליך). 44 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

52 ביטול הפעלה שהחלה אחרי שהפ עלה מתחילה, באפשרותך לבטל אותה כדי שתסתיים, להו ציא את המחסנית ולחזור למסך Sequence (ר צף). זהירות ביטול הפעלה הוא סופי. התוכנה לא יכולה לחדש את ההפעלה ואי ן אפשרות לעשות שימוש חוזר בחומרים המתכלים אחרי שלב בדיקת המכשיר של הבדיקות לפני ההפעלה. בחר Stop Run (ע צור הפעלה) ולאחר מכ ן בחר Yes, cancel (כ ן, בטל). המסך Sequencing Canceled (הרי צוף בוטל) מופיע ובו חותמות זמ ן עם תאריך ושעת ע צירת ההפעלה. בחר Eject Cartridge (הו צא מחסנית) כדי לפתוח את הדלת ולשלוף את המגש. הסר את המחסנית מהמגש. אחס ן את המחסנית או השלך אותה, בתלות במועד בו התרחש הביטול: נס יב ות ב יט לת לפנ י בד יקת המ כש יר א ו במה ל כה ואתה ר וצה להשתמש ש וב בח ומר ים המת כ ל ים. כ ל שאר הנס יב ות. ה וראה השאר את תא הזר ימה והספר י יה בת וך המחסנ ית והנח בטמפרט ורת החדר למשך ש עה אחת. הסר את תא הזר ימה מהמחסנ ית. הש לך את שנ י הר כ יב ים בהתאם לסטנדרט ים הח ל ים באז ורך. תא הזר ימה כ ו ל ל ר כ יב ים א לקטר ונ י ים. המחסנ ית מ כ י לה ספר י יה ומג יב ים מש ומש ים. בחר Close Door (סגור דלת) כדי לטעו ן מחדש את המגש ולחזור למסך Sequencing (רי צוף). החיישנים מאשרים שהמחסנית הוסרה. 5 הפעלה מחדש של המכשיר הפעלה מחדש של המכשיר מכבה את המערכת ומפ עילה אותה מחדש ב צורה בטוחה כדי לשחזר חיבור שאבד, ליישר מפרט או לפתור בעיה של כשל באתחול. הודעות תוכנה מ ציינות מתי הפעלה מחדש עשויה לפתור שגיאה או אזהרה. 1 בתפריט בחר Shut Down System (כיבוי מערכת). 2 אם המערכת לא נכבית, לחץ לחי צה ארוכה על לח צ ן ההפעלה ש צדו השמאלי של המכשיר עד שהאור יתעמעם. 3 כשלח צ ן ההפעלה יהבהב, לחץ על צד הכיבוי (Ο) של המתג הדו-מ צבי בפנל האחורי. לח צ ן ההפעלה עשוי להמשיך להבהב אחרי שאספקת החשמל הופסקה. 45

53 איור 12 מיקום המתג הדו-מ צבי המת ן 30 שניות. לחץ על צד ההפעלה (I) של המתג הדו-מ צבי. כשלח צ ן ההפעלה יהבהב, לחץ עליו איור 13 מיקום לח צן ההפ ע לה אחרי שמערכת ההפעלה תיטע ן, התחבר אל.Windows תוכנת הבקרה מופ עלת ומאתחלת את המערכת. בתום האתחול מופיע מסך הבית. 7 ביצוע בדיקת מערכת בדיקת מערכת נמשכת כ- 45 דקות ומשתמשת בתא הזרימה לבדיקה הנית ן לשימוש חוזר ובמחסנית הבדיקה הניתנת לשימוש חוזר כדי לפתור בעיות של שגיאות בבדיקה לפני הפעלה וב עיות אחרות. ארבע בדיקות משנה בודקות אם הרכיבים ערוכים ומתפקדים כהלכה. פעולה ותחזוקה רגילות לא מ צריכות בדיקת מ ערכת. 1 הו צא את תא הזרימה לבדיקה הנית ן לשימוש חוזר ואת מחסנית הבדיקה הניתנת לשימוש חוזר מהאחסו ן בטמפרטורת החדר. 46

54 בתפריט תוכנת הבקרה, בחר System Check (בדיקת מערכת). תיבת הדו-שיח System Check (בדיקת מערכת) מופיעה כאשר הבדיקות המכניות, התרמיות, האופטיות ובדיקות החייש ן מסומנות. בחר Unload (פריקה) כדי לפתוח את דלת תא המחסנית ולשלוף את המגש. אם יש מחסנית משומשת, הו צא אותה מהמגש. בדוק את משטח הזכוכית של תא הזרימה המיועד לשימוש חוזר כדי לאתר בו לכלוך גלוי. אם יש לכלוך, נקה באופ ן הבא נקה את משטח הזכוכית באמ צעות מטלית אלכוהול. יבש באמ צעות מטלית לשימוש במ עבדה בעלת תכולת סיבים נמוכה. ודא שאי ן בתא הזרימה סיבים או מוך. a b c בנסיבות רגילות, תא הזרימה לבדיקה הנית ן לשימוש חוזר אינו מ צריך ניקוי. אחוז בתא הזרימה לבדיקה הנית ן לשימוש חוזר בנקודות האחיזה כאשר התווית פונה כלפי מעלה. הכנס את תא הזרימה לבדיקה המותאם לשימוש חוזר לתוך החריץ שבקדמת מחסנית הבדיקה המותאמת לשימוש חוזר. השמעת נקישה מ ציינת שתא הזרימה נמ צא במקומו. כאשר המחסנית טעונה כהלכה, נקודת האחיזה בולטת מהמחסנית והזכוכית נראית מחלו ן הגישה. 6 7 ט עינת תא הזרימה לבדיקה הנית ן לשימוש חוזר תא הזרימה לבדיקה הנית ן לשימוש חוזר טעו ן a b הנח את מחסנית הבדיקה הניתנת לשימוש חוזר במגש כך שחלו ן הגישה יפנה כלפי מעלה ותא הזרימה יימ צא בתוך המכשיר. 8 בחר Load (ט עינה) כדי לטעו ן את מחסנית הבדיקה הניתנת לשימוש חוזר ולסגור את הדלת. בחר Start (התחל) כדי להתחיל בבדיקת המ ערכת. במהלך בדיקת המערכת, התוכנה מו ציאה ומכניסה את המחסנית פעם אחת

55 הערה תא הזרימה והמחסנית לבדיקה הניתנים לשימוש חוזר תקפים ל- 36 שימושים, או ל- 5 שנים מתאריך הייצור (האפשרות הקרובה מבי ן השתיים). מספר השימושים הנותר מו צג במסך. 11 בסיום בדיקת המ ערכת, בדוק אך כל אחד מהבדיקות עברה או נכשלה. פ ע ו לה הגדר הפ ע לה חדשה. אם הח ומר ים המת כ ל ים מהפ ע לה ק ודמת א וחסנ ו, השתמש בהם לב יצ ו ע ההפ ע לה החדשה. Contact Illumina Technical Support (פנה לתמ י כה הט כנ ית ש לIllumina). ת וצאה כ ל ארב ע הבד יק ות עבר ו לפח ות בד יקה אחת נ כש לה ח י ו ו י המ כש יר פ ו ע ל כה ל כה ו כ כ ל הנראה הב ע יה קש ורה לח ומר מת כ לה א ו לספר י יה. י ית כ ן ש יש במ כש יר ב ע י ית ח ומרה. בחר Unload (פריקה) כדי להו ציא את מחסנית הבדיקה הניתנת לשימוש חוזר. הסר את מחסנית הבדיקה הניתנת לשימוש חוזר מהמגש. הסר את תא הזרימה הנית ן לשימוש חוזר מהמחסנית. החזר את רכיבי הבדיקה הניתנים לשימוש חוזר לאריזה המקורית ואחס ן בטמפרטורת החדר. סגור את תיבת הדו-שיח System Check (בדיקת מערכת) הפחתת דליפות במקרה של חיבור פלואידיקה לקוי, בעיה במחסנית או זיהוי של דליפה במהלך בדיקה לפני הפעלה או במהלך רי צוף, התוכנה מפסיקה את ההפעלה ומייד עת אותך על כך. לאחר הערכת הדליפה וניקוי המכשיר, בדיקת מערכת מאשרת שנית ן להמשיך בהפ עלה רגילה. מגש ניקוז בבסיס המכשיר לוכד את הנוזלים הדולפים מהמחסנית. עם זאת, הנוזלים שדלפו עלולים להגיע לאזורים אחרים של המערכת. בנסיבות הרגילות מגש הניקוז יבש. הערכת הדליפה 1 חבוש כפפות חדשות ללא אבקה. אזהרה סדרה זו של מגיבים כוללת חומרים כימיים ש עשויים להיות מסוכנים. שאיפה, בלי עה, ומג ע עם ה עור או ה עיניים עלולים לגרום לפגי עה גופנית. השתמש בציוד מגן, הכולל מגן ל עיניים, כפפ ות, וחלוק מ עבדה בהתאם לסיכון החשיפה. טפל במגיבים המשומשים כפי שמטפלים בפסולת כימית והשלך אותם בהתאם לחוקים ולתקנים האזוריים, הלאומיים והמקומיים החלים. למידע נוסף על סביבה, בריאות ובטיחות, עיי ן בגיליו ן הבטיחות שבכתובת.support.illumina.com/sds.html פעל בהתאם להנחיות שבמסך כדי לשלוף את המחסנית. בדוק את המחסנית לזיהוי נוזלים גלויים. כמות קטנה של נוזל µl) >) 500 על משטח הזכוכית של תא הזרימה היא קבילה. אם לא נראה נוזל (או נוזל בכמות קבילה), התקדם אל ניקוי המכשיר (ניקוי המכשיר). לאחר הניקוי, בדיקת מערכת מאשרת פעולה רגילה. אם נית ן לראות כמות משמעותית של נוזל בתא הזרימה, במחסנית או במכשיר, כבה ונתק באופ ן הבא ופנה לתמיכה הטכנית של.Illumina a בתפריט בחר Shut Down System (כיבוי מערכת). 48

56 אם פקודת הכיבוי אינה מגיבה, החזק את לח צ ן ההפעלה שב צדו השמאלי של המכשיר לחוץ עד שהאור יתעמעם. כשלח צ ן ההפעלה יהבהב, לחץ על צד הכיבוי (Ο) של המתג הדו-מ צבי שבגב המכשיר. המת ן 30 שניות. נתק את כבל החשמל מהשקע שבקיר ואז משקע אספקת החשמל AC שבפנל האחורי. אם רלוונטי, נתק את כבל ה- Ethernet מהשק ע שבקיר ואז מי ציאת ה- Ethernet שבפנל האחורי. b c d e f ניקוי המכשיר 1 מטעמי בטיחות, כבה ונתק את המכשיר: בתפריט בחר Shut Down System (כיבוי מערכת). אם פקודת הכיבוי אינה מגיבה, החזק את לח צ ן ההפעלה שב צדו השמאלי של המכשיר לחוץ עד שהאור יתעמעם. כשלח צ ן ההפעלה יהבהב, לחץ על צד הכיבוי (Ο) של המתג הדו-מ צבי שבגב המכשיר. המת ן 30 שניות. נתק את כבל החשמל מהשקע שבקיר ואז משקע אספקת החשמל AC שבפנל האחורי. אם רלוונטי, נתק את כבל ה- Ethernet מהשק ע שבקיר ואז מי ציאת ה- Ethernet שבפנל האחורי. a b c d e f 2 אתר את דלת מגש הניקוז מתחת לתא המחסנית בחזית המכשיר ולאחר מכ ן הנמך את הדלת. 3 פתח את מגש הניקוז והסר את רפידת מגש הניקוז. 49

57 iseq 100 וף יצ ר כת ער מ יך מדר נייר. מגבות צעות באמ המגש של ן התחתו מחלקו הנוזל שאריות כל את נגב לאזור. מאזור משתנים אשר החלים, לסטנדרטים בהתאם אחרים מתכלים וחומרים הרפידה את השלך.support.illumina.com/sds.html בכתובת (SDS) הבטיחות ן בגיליו ן עיי נוסף, מידע לקבלת הניקוז. במגש חדשה רפידה הנח הניקוז. מגש דלת את סגור ן מכ ולאחר הניקוז מגש את סגור נייר. מגבות צעות באמ בסביבתו או במכשיר הנראים הנוזלים כל את יבש הבא. ן באופ מחדש אותו וחבר המכשיר את הדלק Ethernet ציאת לי ה- Ethernet כבל את חבר רלוונטי, אם בקיר. חשמל לשקע ן מכ ולאחר האחורי, בפנל (AC) החשמל לשקע החשמל כבל את חבר (I). דולק צב למ האחורי שבפנל צבי הדו-מ המתג את העבר עליו. לחץ יהבהב, ההפעלה ן צ כשלח.Windows אל התחבר ן, תיטע ההפעלה שמערכת אחרי a b c d e הבית. מסך מופיע האתחול בתום המערכת. את ומאתחלת עלת מופ הבקרה תוכנת כהלכה. פועלת ערכת שהמ לאשר כדי מערכת בדיקת צע ב צוע ראהבי הוראות, לקבלת רגילה. עולה לפ לחזור מסוגל שהמכשיר ציינת מ צלחה בה שעברה מערכת בדיקת 46. בעמוד ערכת מ בדיקת 10 ן היצר להגדרות שחזור או צויה ר לא צורה מת להתאושש התוכנה, של לאחור שדרוג צע לב כדי ערכת במ ן צר הי של המחדל ברירות את שחזר ומנקה הבקרה תוכנת של ההתקנה את מסיר ערכת המ שחזור.Illumina אל מכשיר החזרת לפני משתמש נתוני לנקות C. ן כונ את C: ן בכונ צא נמ Local Run Manager עבור כייחוס המשמש הגנומים מאגר אם 1 C. ן בכונ שאינה ברשת, או מקומית אחרת, לתיקייה או D:\Illumina\Genomes אל המאגר את העבר או מקומית אחרת, לתיקייה או ל- D:\Illumina\Genomes המאגר נתיב את אפס,Local Run ב- Manager מס' (מסמך Local Run Manager של התוכנה מדריך ראה הוראות לקבלת C. ן בכונ שאינה ברשת,.( a b.windows את מחדש הפעל ן). צר הי להגדרות (שחזור Restore to Factory Settings בחר הפעלה, מערכת לבחור כשתונחה.iSeq Control Software עם אוטומטית התקדמות לפני צר ק ן לזמ מופיעות ההפעלה מערכת אפשרויות השחזור. שיושלם עד דקות כ- 30 ן המת תוכנת ללא המקוריות, ן צר הי הגדרות עם תאותחל ערכת המ שיושלם, לאחר אתחולים. מספר לכלול עשוי השחזור הבקרה. הבקרה: תוכנת התקנת או ברשת במיקום ן המתקי את שמור.iSeq 100 צוף הרי מערכת של התמיכה מדפי התוכנה ן מתקי את הורד נייד. USB ן בכונ.C:\Illumina אל ן המתקי את העתק ההתקנה. את צע לב כדי להנחיות בהתאם פעל ן מכ ולאחר,iSeqSuiteInstaller.exe את פתח (סיום). Finish בחר יושלם, ן כשהעדכו.45 בעמוד המכשיר של מחדש עלה ראההפ הוראות לקבלת המכשיר. את מחדש הפעל a b c d e 50 v05 HEB, מס' מסמך אבחון. בהליכי לשימוש לא בלבד. מחקרי לשימוש

58 פעל בהתאם להנחיות שבמסך כדי לב צע הגדרה בפ עם הראשונה, לרבות בדיקה של המערכת עם מחסנית הבדיקה הניתנת לשימוש חוזר ותא הזרימה לבדיקה הנית ן לשימוש חוזר. התק ן מודולי ניתוח של :Local Run Manager 6 7 עבור לחשבו ן מערכת ההפעלה.sbsadmin הורד את מתקיני התוכנות מדפי התמיכה של.Local Run Manager שמור את המתקינים במיקום ברשת או בכונ ן USB נייד. העתק את המתקי ן אל.C:\Illumina פתח את המתקי ן,(*.exe) ולאחר מכ ן פעל בהתאם להנחיות כדי לב צע את ההתקנה. כשהעדכו ן יושלם, בחר Finish (סיום). a b c d e 51

59 נספח C החלפה מתקדמת הח לפת מ ער כת iseq 100 קב לת מ ער כת ח ל ופ ית ה כנת המ ער כת המק ור ית להחזרה החזרת המ ער כת המק ור ית החלפת מערכת iseq 100 מאחר שמסנ ן האוויר ורפידת מגש הניקוז הם החלקים היחידים של מ ערכת iseq 100 שניתנים לטיפול, Illumina משתמשת בהחלפה מתקדמת כדי לתק ן בעיות שלא נית ן לפתור מרחוק. בהחלפה מתקדמת, מ ערכת פגומה או שניזוקה מוחלפת במ ערכת מתוקנת. כדי למזער את זמ ן ההשבתה תקבל מערכת חלופית לפני שתוחזר המ ערכת המקורית. זמינות אזורית החלפה מתקדמת זמינה ברוב האזורים. אזורים אחרים יכולים להסתמך על טכנאי שירות בשטח. שאל את התמיכה הטכנית של Illumina אילו מודלים של תמיכה זמינים באזורך. קבלת מערכת חלופית אחרי שבדקת את המערכת ושניסיונות אחרים לפתרו ן בעיות נכשלו, פנה לתמיכה הטכנית של.Illumina 1 אם נית ן, ב צע בדיקת מערכת אחרת עם מחסנית ותא זרימה אחרים לבדיקה הניתנים לשימוש חוזר. t ודא שתו צאות בדיקת המ ערכת זמינות לתמיכה הטכנית. t אם התמיכה הטכנית לא ת צליח לפתור את הבעיה מרחוק, יתחיל תהליך החזרה כדי לקבל מ ערכת חלופית. בעת קבלת המ ערכת החלופית: 2 הו צא אותה מאריזתה והתק ן אותה על-פי הכרזה להתקנה של מערכת הרי צוף iseq 100 (מסמך מס' t.( שמ ור את כל ח ומר י האר יזה, אשר משמשים לאריזת המ ערכת המקורית ורכיבי הבדיקה הניתנים לשימוש t חוזר, ל צורך ההחזרה. שים ב צד את מסמכי ההחזרה, אשר כוללים תווית החזרה של UPS ואת החשבונית המסחרית (למשלוחים t בינלאומיים). הכנת המ ערכת המקורית להחזרה החזר את המ ערכת המקורית, את מחסנית הבדיקה הניתנת לשימוש חוזר ואת תא הזרימה לבדיקה הנית ן לשימוש חוזר אל Illumina תוך 30 ימים מקבלת המכשיר החלופי. כיבוי וניתוק אם המערכת מופעלת, ב צע את שלבים 1 3 כדי לשמור ולנקות נתונים לפני שתכבה בבטחה את המערכת. פעל על-פי השלבים הנותרים כדי להסיר מחסנית (לפי ה צורך) ולנתק חוטים וכבלים. 1 ב- Explorer File (סייר הקב צים), העתק את הקב צים והתיקיות שבר צונך לשמור בכונ ן USB נייד. מיקום נתוני הרי צוף מוגדר על-ידי המשתמש, אולם כונ ן D הוא המיקום שנקבע כברירת מחדל. 2 מחק את כל הקב צים והתיקיות שאינך מעוניי ן לשתף עם.Illumina 52

60 3 כבה את המערכת באופ ן הבא. בתפריט בחר Shut Down System (כיבוי מערכת). אם פקודת הכיבוי אינה מגיבה, החזק את לח צ ן ההפעלה שב צדו השמאלי של המכשיר לחוץ עד שהאור יתעמעם. כשלח צ ן ההפעלה יהבהב, לחץ על צד הכיבוי (Ο) של המתג הדו-מ צבי שבגב המכשיר. a b c 4 אם יש מחסנית במכשיר, הפעל מחדש את המערכת והו צא את המחסנית באופ ן הבא. העבר את המתג הדו-מ צבי שבפנל האחורי למ צב דולק (I). כשלח צ ן ההפעלה יהבהב, לחץ עליו. אחרי שמערכת ההפעלה תיטע ן, התחבר אל.Windows בתפריט תוכנת הבקרה, בחר System Check (בדיקת מערכת). בחר Unload (פריקה) כדי להו ציא את המחסנית, ואז הסר את המחסנית מהמגש. אם ההו צאה נכשלת, פנה לתמיכה הטכנית של Illumina לקבלת הוראות נוספות. בחר Load (ט עינה) כדי להכניס את המגש הריק ולסגור את הדלת. סגור את תיבת הדו-שיח System Check (בדיקת מ ערכת) ואז כבה את המערכת. a b c d e f g h כיבוי והפעלה מחדש של המערכת נדרשים כדי למקם את המחסנית ל צורך הסרה. 5 נתק את כבל החשמל מהשקע שבקיר ואז משקע אספקת החשמל AC שבפנל האחורי. אם רלוונטי, נתק את: כבל ה- Ethernet משק ע החשמל, ולאחר מכ ן מי ציאת ה- Ethernet שבלוח האחורי. t המקלדת והעכבר מי ציאות ה- USB שבלוח האחורי. t 6 חיטוי המכשיר שליחת מכשיר מחייבת בי צוע של הליך החיטוי הבא, ש- Illumina מאשרת כשלם. סיכונים ספ ציפיים לאתר עלולים לחייב חיטוי נוסף. חיטוי באמצעות חומר הלבנה חבוש כפפות חדשות ללא אבקה. 1 הנמך את צג המכשיר. 2 53

61 3 משוך ב עדינות את דלת תא המחסנית מהק צוות ה צדדיים כדי לפתוח אותה. נקה את דלת התא כולה במטלית עם חומר הלבנה: t החלק הפנימי של הדלת t החלק החי צוני של הדלת t צירי הדלת סגור את דלת תא המחסנית. אתר את דלת מגש הניקוז מתחת לתא המחסנית בחזית המכשיר ולאחר מכ ן הנמך את הדלת פתח את מגש הניקוז והסר את רפידת מגש הניקוז. 54

62 נגב את כל שאריות הנוזל מחלקו התחתו ן של המגש באמ צעות מגבות נייר. השלך את הרפידה וחומרים מתכלים אחרים בהתאם לסטנדרטים החלים, אשר משתנים מאזור לאזור. לקבלת מידע נוסף, עיי ן בגיליו ן הבטיחות (SDS) בכתובת.support.illumina.com/sds.html נקה את מגש הניקוז באמ צעות מטלית הלבנה. המת ן 15 דקות עד שההלבנה תפ על נטרול באמ צ עות אלכוהול הרטב מטליות בד או נייר במים. 1 נית ן להשתמש בכל סוג מים, גם מי ברז. נקה את הרכיבים הבאים באמ צעות מטלית לחה ומגבות נייר: 2 מגש ניקוז t דלת תא המחסנית (פנימית וחי צונית, כולל צירים) t המים מונעים ערבוב של חומר ההלבנה והאלכוהול. נקה שוב את הרכיבים הבאים באמ צעות מטלית אלכוהול: 3 מגש ניקוז t דלת תא המחסנית (פנימית וחי צונית, כולל צירים) t האלכוהול מסיר שאריות של חומר הלבנה, אשר עלולות לגרום לקורוזיה. ודא שדלת מגש הניקוז ודלת תא המחסנית סגורים. 4 נקה את שולח ן המעבדה שסביב המכשיר באמ צעות מטליות חומר הלבנה או תמיסת הלבנה. 5 החזרת המ ערכת המקורית אריזת המכשיר פנה במעבדה מספיק שטח למכשיר ולאריזה. 1 הכנס את רפידת הגומאוויר הקטנה בי ן ה צג המונמך לבי ן המכשיר. 2 הנח את שקית הפלסטיק האפורה על המכשיר. 3 הנמך את הדש הקדמי של הקופסה הלבנה. הנח את המכשיר בתיבה הלבנה כך שחלקו הקדמי של המכשיר יפנה לכיוונך. הנח את אריזת הגומאוויר המרוב עת על המכשיר כך שה צדדים הדקים יותר של הגומאוויר יישענו מעל חזית וגב המכשיר. ודא שאריזת הגומאוויר ערוכה ב צורה ישרה על החלק העליו ן של הקופסה

63 7 סגור את הדש הקדמי ואז סגור את החלק העליו ן של הקופסה. אריזת רכיבי הבדיקה הניתנים לשימוש חוזר שים את מחסנית הבדיקה הניתנת לשימוש חוזר iseq 100 i1 בשקית גדולה יותר הניתנת לאטימה חוזרת ואטום 1 אותה. שים את תא הזרימה לבדיקה הנית ן לשימוש חוזר של iseq 100 i1 בתוך המארז בעל מבנה ה צדפה. 2 שים את המארז בעל מבנה ה צדפה בשקית קטנה יותר הניתנת לאטימה חוזרת ואטום אותה. 3 שים את שתי האריזות הניתנות לאטימה חוזרת בקופסת האביזרים של מערכת הרי צוף.iSeq סגור את קופסת האביזרים. 56

64 שליחת המ ערכת 1 אם בסיס הגומאוויר המג ן הוסר, הנח אותו בחלק התחתו ן של קופסת המשלוח החומה. הרם את הקופסה הלבנה ב עזרת הידיות (מומלץ שההרמה תתב צ ע על-ידי שני אנשים), ואז הנמך את הקופסה הלבנה כדי להכניסה לקופסה החומה. כל כיוו ן מתאים. זהירות הקופסה הלבנה חייבת להישלח בתוך הקופסה החומה. הקופסה הלבנה לא תוכננה למשלוח ואי ן עליה תוויות מתאימות. הנח את כיסוי הגומאוויר להגנה בחלק העליו ן של הקופסה הלבנה. הנח את קופסת האביזרים במרכז כיסוי הגומאוויר. הנח את רפידת הגומאוויר השחורה מ על קופסת האביזרים. [א ופצ י ונ ל י] הנח את כבל ה- Ethernet ואת כבל החשמל במקום כלשהו בקופסה החומה. סגור את הקופסה החומה ואבטח אותה באמ צעות סרט דביק למשלוח. הנח את תווית ההחזרה על תווית המשלוח המקורי או הסר את תווית המשלוח המקורי